"דוח פאלמר קבע באופן חד-משמעי שישראל פעלה לפי החוק הבינלאומי", אמר ראש הממשלה
בנימין נתניהו בפתח ישיבת הממשלה (יום א', 4.9.11).
הוא שב על עמדתו כי ירושלים לא תתנצל בפני אנקרה: "אנחנו לא צריכים להתנצל על כך שחיילי השייטת הגנו על עצמם אל מול מתקפה של פעילים אלימים של ה-IHH. אנחנו לא צריכים להתנצל על כך שאנחנו פועלים לעצור הברחת נשק לחמאס, ארגון טרור שכבר ירה למעלה מעשרת אלפים טילים, רקטות ופצצות מרגמה על אזרחינו. אנחנו לא צריכים להתנצל על כך שאנחנו פועלים להגן על אזרחינו, על ילדינו ועל יישובינו".
גורם מדיני אמר כי למעשה, מאז שהודיעה טורקיה את שהודיעה, התנצלות של ישראל אינה רלוונטית יותר, וכי החשש מהמשך ההידרדרות הופך ליותר ממשי ומציב את הטורקים בצד העוין לישראל.
למרות ההודעה הטורקית בסוף השבוע על ניתוק הקשרים הדיפלומטיים והמסחריים עם ישראל, אמר נתניהו כי הוא מקווה למצוא דרך להתגבר על המחלוקת, כלשונו. "ישראל מעולם לא רצתה שיחסיה עם טורקיה יידרדרו, וגם עכשיו ישראל איננה מעוניינת בדרדור היחסים", הוסיף.
בירושלים חוששים מהידרדרות של היחסים בין המדינות, בעיקר בתחום הכלכלי. כיום עומד היצוא לטורקיה על כמיליארד שקלים בשנה, והיא יעד היצוא השישי בגודלו של ישראל. עיקר הזינוק ביצוא במחצית הראשונה של 2011 היה בענף הכימיקלים וזיקוקי נפט, המהווים כ־68% מהיקף היצוא לטורקיה.
טורקיה צפויה להגביר את התמיכה בחמאס ובפלשתינים. היא מאיימת לשלוח ספינות מלחמה לפטרל מול חופי ישראל ועזה ולפנות לבית הדין הבינלאומי בהאג. פיטרול ספינותיה מול חופי קפריסין היה נושא שבעבר גרם לסכסוך בין המדינות.
מלבד הנושאים הכבדים עלול להיות נתק גם בתחום קשרי התרבות, הספורט והמדע.
