לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה החליט שלא להגיש כתב אישום נגד אחמד סעדאת, מזכ"ל החזית העממית, בגין ההתנקשות בשר רחבעם זאבי, הבוקר (א', 21.5.06) הוגש לבית הדין הצבאי ביהודה כתב אישום נגד סעדאת, בגין קשירת קשר לגרימת מוות בכוונה וכן סעיפי אישום נוספים.
סעדאת נעצר ביום ה- 14.3.06 במהלך פעילות צה"ל בכלא ביריחו והוא נחשב לאדם שהורה על רציחתו של השר רחבעם זאבי.
סעדאת, המכונה "אבו ע'סאן", יליד 1953, תושב אל-בירה, נאשם ב- 19 פרטי אישום שונים בהם קשירת קשר לגרימת מוות בכוונה, סחר בציוד מלחמתי, נשיאת משרה בהתאחדות בלתי מותרת, קשירת קשר לשוד מזויין ועוד.
ביצע פעילות טרור ופגיעה חמורה בביטחון
אחד הסעיפים המרכזיים בכתב האישום מאשים אותו במעורבות ברציחתם של ישראלים רבים ובהם השר זאבי. כתב האישום מפרט: "סעדאת היה המזכיר הכללי של ארגון החזית העממית לשחרור פלשתין באזור ומחוצה לו. ארגון זה ביצע פעילות טרור ופגיעה חמורה בביטחון האזור, אשר כללה גרימת מותם בכוונה של חיילים ואזרחים ישראלים ובהם השר רחבעם זאבי ז"ל, פציעתם של אחרים וגרימת נזק לרכוש".
"במהלך תקופת שהות הנאשם בכלא ברמאללה ובכלא ביריחו, במהלך התקופה האמורה לעיל ולאחר רצח השר רחבעם זאבי ז"ל, ביקרוהו אנשים רבים ובהם פעילי הארגון. הנאשם נהג לשוחח עמם בענייני ארגון החזית העממית לשחרור פלשתין, ובין היתר בנוגע לפיגועים שביצע הארגון, כדוגמת רצח השר רחבעם זאבי ז"ל, בענייני אסירי הארגון, וכן בענייני בחירות ועניינים נוספים הקשורים לפעילות ארגון החזית העממית לשחרור פלשתין. הנאשם ייעץ למבקריו בנושאים האמורים".
כאמור, היועץ המשפטי לממשלה קיבל, בעניין זה, החלטה דרמטית. היועץ מזוז קבע כי החקירה לא העלתה די ראיות לצורך העמדתו לדין בפרשת רצח השר זאבי, אם כי ישנן ראיות לכאורה לצורך העמדתו לדין בעבירות ביטחוניות שונות.
תיכננו לבצע פיגועים בקפה רימון ובמשביר בירושלים
כתב האישום מעלה פרשה נוספת שבה מעורב סעדאת. בחודש אוגוסט 1999, קשרו סאדעת ואחרים קשר לבצע פיגוע בירושלים. התוכנית היתה להחדיר מטען חבלה לבית קפה "רימון" בירושלים, ולפוצצו בבית הקפה. בנוסף, תכננו בני החבורה לבצע פיגוע בחנות "המשביר" בירושלים.
"לשם ביצוע הפיגוע, נזקקו בני החבורה לחומר נפץ, ולשם כך פנו אל סעדאת וסיפרו לו על תוכניתם. בני החבורה אף ביקשו את סיועו בהשגת חומר הנפץ. סעדאת אמר להם כי לשם ביצוע פיגוע בשם ארגון החזית העממית לשחרור פלשתין, יש לקבל את אישור הארגון, ועל-כן אל להם לבצע פיגוע כמתוכנן ללא אישור המבוקש עבד-נאצר קייסי".
על-פי כתב האישום, כעבור מספר ימים, שוחח סעדאת עם מספר פעילי טרור ואמר להם כי ארגון החזית העממית אינו מתנגד לביצוע תוכניות הפיגוע. הוא הורה להם להמתין עד לאחר ועידת הארגון אשר יועדה להיות כחודש וחצי לאחר שיחתם.
"במועד אחר, בעת שהות בני החבורה ברמאללה, סיפר אחד מהם לחבריו כי הוא מכיר בָּאר בשכונת תלפיות בירושלים, וכי הוא מעוניין להכניס מטען חבלה לבאר בשעות שבהן הבאר מלא אנשים, בכוונה לפוצצו ולגרום למות הנוכחים במקום. הוא התבקש לשוחח על כך עם סעדאת ולקבל את אישורו לשם ביצוע הפיגוע. לאחר האמור, סיפר סעדאת כי סירב לאשר את הפיגוע המתוכנן".
במערכת הביטחון מספרים כי מספר אנשי ההתארגנות נעצרו בחודש ספטמבר 1999, ועל כן לא יצאו הפיגועים המתוכננים אל הפועל.