"עין גדי, עין גדי, איך פלגים בך חותרים בשממה". במילים אלו מתואר יופיו הפראי של נווה המדבר המופלא, בשיר הנושא את שמו. קשה להאמין, אך ייתכן כי בעתיד הלא רחוק, תיוותר השממה ללא פלגים, ובכך תמחק פינת החמד הדרומית מנוף ארצנו. כך מזהירה החברה להגנת הטבע.
עתידו של הטבע בנווה המדבר עין גדי נדון (יום ה', 22.6.06) בוועדה המקצועית של רשות הטבע והגנים, במסגרת גיבוש הסכם בין רט"ג (רשות הטבע והגנים) לקיבוץ עין גדי בחסות נציבות המים, הנוגע לחלוקת מי המעיינות. על-פי ההסכם, ניתן יהיה להעביר את מרבית מי מעיין עין גדי לשימוש של מפעל המים בעין גדי, ובתמורה הקיבוץ יעביר מים מנחל ערוגות למעיין עין גדי, "כפיצוי", בצינור.
מאז הוקם מפעל "מי עין גדי" בקיבוץ עין גדי - לפני כשבע שנים, הוגדלה הקצאת המים מ- 6,000 מטר מעוקב (מ"ק) מים לשנה ליותר מ- 120,000 מ"ק מים בשנה, כשליש משיפעת המעיין כולו. כתוצאה מכך, הצמחייה סביב המעיין והמדרון שמתחתיו מתייבשת, וכל מרקם החיים הטבעי נפגע אנושות. בהסכם הקיים כיום בין הקיבוץ לרשות הטבע והגנים, הקצאת המים לצרכי המפעל היא 30,000 מ"ק בלבד.
שי טחנאי, רכז מחוז דרום של החברה להגנת הטבע: "אין מספיק מים בנווה המדבר עין גדי לכל השימושים המתוכננים, ועל-כן ההסכם לא יביא לפיתרון בעיית המים, ולא ניתן לקיים אותו. החשש שלנו הוא שהטבע יהיה הראשון להיפגע. בחברה להגנת הטבע מסבירים, כי על-מנת לאפשר חיים סבירים באזור עין גדי, ובכדי לספק את צרכי התושבים והמבקרים, יש להגדיל את כמות המים באזור, תוך השארת כמות המים הנדרשת לתפקודה של השמורה. דבר זה אפשרי על-ידי חיבור איזור עין גדי לרשת המים הארצית, שיפחית את הלחץ על מקורות המים הטבעיים בעין גדי.