קיבוץ יגור, עתר (ג', 25.7.06) לבג"צ נגד החלטת ממשלת ישראל לאשר את תוואי רכבת העמק העובר בסמוך לבתי הקיבוץ. לטענת תושבי הקיבוץ, התוואי עובר כ- 50 מטרים מבתי הקיבוץ ויפגע באופן אנוש באיכות החיים שלהם ועלול אף לסכן את חייהם ובריאותם.
הקיבוץ דורש לבטל את התוכנית ולחילופין להשיב את התוכנית לדיון בוועדה הארצית לתכנון ולבנייה של תשתיות לאומיות, תוך מתן זכות טיעון לקבוץ ביחס לתיקונים שנעשו בתוכנית. עד למתן ההחלטה בעתירה עצמה, דורש הקיבוץ ליתן צו ביניים שיאסור על תחילת העבודות.
בעתירה שהוגשה באמצעות משרד עו"ד יגנס, טויסטר, בירן ושות', נגד הממשלה, הוועדה הארצית לתכנון ולבנייה של תשתיות לאומיות ורכבת ישראל, טוען הקיבוץ כי יש לבטל את ההכרזה על רכבת העמק כתוכנית בעלת חשיבות לאומית.
לטענת הקיבוץ, מאבקו נגד תוואי הרכבת הוא מאבק על המשך קיומו, עתידו, ואיכות חיי חבריו. "בתוכנית עובר תוואי הרכבת בצמידות לבתי המגורים של הקיבוץ, תוך שהוא פוגע באופן קשה באיכות החיים והמגורים בקיבוץ. הפגיעה מתבטאת בגרימת מטרדי רעש קשים לתושבים, וסיכון חייהם ובריאותם על-ידי התרת שינוע חמרים מסוכנים בצמידות לבתיהם", נאמר בעתירה.
על-פי חוות דעת מומחים, שצורפו לעתירה, התוואי המוצע יגרום לקיבוץ נזקים רבים ויפגע פגיעה חמורה באיכות חייהם ובביטחונם האישי של תושביו בכך שמפלסי הרעש בקיבוץ יעלו באופן משמעותי, ותושביו יחשפו למפגעי רעידות ולסיכונים בטיחותיים הנובעים מהובלת חומרים מסוכנים "מרחק נגיעה" מבתיהם, זאת מעבר לחסימה הנופית שתגרם.
עוד נטען בעתירה, כי ההחלטות בנוגע לתוכנית בכלל, ולקטע הרלוונטי לקיבוץ יגור בפרט, התקבלו בחוסר סמכות, ללא בחינת כל השיקולים הרלוונטיים ובחוסר סבירות קיצוני נוכח פגיעתה הקשה והבלתי מידתית של התוכנית בקיבוץ.