מתיחות בין-דתית פרצה במהלך ביקורו (ג', 12.9.06) של האפיפיור בנדיקטוס ה-16 בגרמניה ובבוואריה, כאשר שב ותקף את הג'יהאד, מלחמת הקודש באיסלאם, אותו כינה "חסר היגיון ומנוגד לרצון האל".

בנאום מרכזי באוניברסיטת רגנסבורד, בה לימד תיאולוגיה בין השנים 1977-1969, אמר האפיפיור כי הנצרות היא דת המבוססת על היגיון. למרות שנמנע מביקורת ישירה על האיסלאם, תקף האפיפיור בדבריו, את אלה, אשר להגדרתו, מאמינים בהפצת אמונתם בכוח החרב. בדבריו, ציטט האפיפיור קיסר ביזנטי מהמאה ה-14, שאמר כי תרומתו של אבי האומה האיסלאמית מוחמד, מסתכמת ב"דברים מרושעים ובלתי הומאנים, כדוגמת ההוראה שנתן להפיץ את משנתו בכוח החרב".

יוחנן פאולוס השני סירב לפרישתו

האפיפיור התבטא באשר לקשר בין הדת למדע. לדבריו, מאז תקופת ההשכלה, שקדו חוקרים על-מנת "למצוא הסבר לקיום העולם מבלי להידרש לאלוהים... (אולם), כשמוציאים את אלוהים מהמשוואה, משהו לא מסתדר עבור האנושות, העולם והיקום".

הביקור בעיר רנסבורג הישרה על האפיפיור אווירה סנטימנטלית, הוא גילה, כי תמיד חלם לחזור ולבקר בעיר, ואפילו קיווה לכתוב בה ספרים בנושא דת, לכשיפרוש לגמלאות. עוד חשף, כי כאשר היה קרדינל, ביקש פעמיים מקודמו בתפקיד, האפיפיור יוחנן פאולוס השני, להניח לו לפרוש לגמלאות, אולם נתקל בסירוב.

אתמול ביקר האפיפיור בבית ילדותו בכפר מרקטל. את יום רביעי, צפוי האפיפיור להקדיש לעניינים אישיים.