יו"ר הליכוד, בנימין נתניהו, אמר כי דמו רותח לשמע חרדים שגינו את הרצל. הוא כינה את הרצל נביא בן זמננו וכי אילולא הוא לא היתה קמה מדינת ישראל ולמגנים לא היה קיום.
עצמות שניים מילדיו של בנימין זאב הרצל הובאו לקבורה בישראל (יום ד', 20.9.06). בכך קיימה מדינת ישראל את צוואתו האחרונה של חוזה המדינה, שנכתבה כשנה וחצי קודם שהלך לעולמו. בצוואה ביקש הרצל להעלות לארץ את ארונו ואת ארונות בני משפחתו הקרובים ביותר, כאשר עם ישראל יזכה למדינה.
שני ילדיו של הרצל, פאולינה והאנס, ניקברו בבית הקברות היהודי בבורדו שבצרפת לאחר שמתו בגיל צעיר. פאולינה נפטרה בספטמבר שנת 1930, ואחיה האנס, שהיה קשור אליה מאוד, התאבד כאשר דבר מותה נודע לו. אמש הוטסו עצמות שניהם מצרפת בליווי משלחת ישראל בראשות יו"ר ההסתדרות הציונית העולמית זאב ביילסקי.
הרב הראשי, הראשון לציון שלמה עמאר, בירר קודם להבאתם ארצה שהם אכן יהודים. טקס האשכבה בהר הרצל נערך על-ידי רב צבאי, ובמעמד ראש הממשלה, יו"ר הסוכנות היהודית וההסתדרות הציונית העולמית זאב בליסקי, בני משפחת הרצל, חברי תנועות הנוער ושאר ראשי המדינה שהניחו זרי פרחים על הקברים. ראש עיריית ירושלים, אורי לופוליאנסקי, נעדר מן הטקס. ביילסקי אמר כי זוהי עשיית צדק היסטורי ובכך ניסגר מעגל ציוני ועם ישראל מחזיר את חובו להרצל. עוד הוסיף כי הרצל חשוב ורלוונטי היום יותר מתמיד בדרך ליצירת חברה טובה.
בתו השלישית של הרצל, טרודה, ניספתה בשואה ומקום קבורתה לא נודע.
