ליקויים, אי סדרים וכשלים רבים אירעו במהלך הבחירות לוועידת הליכוד ומועצת הסניפים. הוחלפו האשמות בין המחנות (נתניהו לשרון) והבחירות ב-10 ישובים בוטלו, בניהם: ירושלים, מגדל העמק, באר שבע וגבעת שמואל.
בעקבות זאת, כ-40 אלף בעלי זכות בחירה לא הצביעו. וועידת הבחירות של הליכוד החליטה (יום ג') על חידוש הבחירות ליום שלישי בשבוע הבא.
האשמות מחנה נתניהו
ראש הממשלה לשעבר, בנימין נתניהו, הגיע לקלפי בירושלים בשעת הפתיחה - 10:00 בבוקר, ונתקל בשערים סגורים. אנשי הקלפי ביקשו מנתניהו להגיע שעה מאוחר יותר, שכן בגלל שיבושים, טרם נפתחה ההצבעה. כשהגיע נתניהו בשעה 11:00 לקלפי, שעריה עדיין היו חתומים. ראש הממשלה לשעבר, נאלץ לדחות את הצבעתו לשעות הערב, אך גם ניסיון זה לא עלה יפה לאחר שהחליט שטרוזמן, לסגור את הקלפי
ממשרדו של בנימין נתניהו, נמסר כי מעטפות וטפסים מזויפים, הופצו על-ידי אנשיו של ראש הממשלה, אריאל שרון, באותן קלפיות בהן יש לנתניהו רוב בבחירות.
עוד טענו במחנה נתניהו כי לא הוצבו משקיפים בכל הקלפיות על-פי דרישתם וכי הליקויים הם שילוב של כשל ארגוני ורצון לגרום להם נזק. לטענתם שיבושים חריפים מנעו מ-35 אלף בוחרים לממש את זכותם, בהם - לדעת המטה, יש רוב מוחץ לאנשי נתניהו.
יושב ראש ועדת הבחירות, השופט (בדימ'), אורי שטרוזמן דחה את טענות מחנה נתניהו כי לא הותר להציב משקיפים בכל קלפי ואמר כי אין קשר למאבק בין נתניהו לשרון. לדבריו, הקטטות בקלפיות בירושלים פרצו לאחר שהבחורים מאסו בהמתנה בתור.
בתוך כך, הציע היו"ר שטרוזמן לשקול מחדש את כל שיטת הבחירות המוקדמות במפלגות ולהבטיח כי רק מי שחבר בה כמה שנים, יוכל להצביע. "יתכן שיהיה צורך להעביר את הקלפי למקום אחר, לנוחות המצביעים. בכל הקלפיות הוצבו משקיפים, לפי דרישתו של נתניהו", אמר שטרוזמן ברשת ב' של קול ישראל.
הליך הבחירות
מתפקדי תנועת הליכוד בכל רחבי הארץ היו אמורים לבחור את 2,500 צירי ועידת התנועה, ועוד אלפי חברים במועצות הסניפים של הליכוד.
המאבקים על המקומות בוועידת התנועה, ועל חברות במועצות הסניפים, התנהלה בעיקר ברמה המקומית בין העסקנים והפעילים. החברים בוועידת התנועה הם אלו שיהפכו למרכז המפלגה, הבוחר את המועמדים לכנסת.
עד כה לא התקיימו הבחירות בקלפיות: בירושלים, במטה בנימין, ביפו, בפתח תקווה ובגבעת שמואל. בירושלים מצוי הריכוז הגדול ביותר של חברי ליכוד (כ-25 אלף איש).
ראש הממשלה, אריאל שרון, הצביע בקלפי בשדרות, העיר הסמוכה למקום מגוריו הקבוע בחוות השקמים.
ראש עיריית שדרות, אלי מויאל, לא נכח בביקור שרון בעיר, כי טען, שהוא מצדד בדעת הכלל של התושבים האומרת כי שרון מעדיף את "קולות" הקיבוצים מאשר של עיירות הפיתוח. עוד טען רה"ע שדרות, כי רה"מ לא ביקר בעיר כאשר נפלו מספר טילי קסאם באזור.
