האם מסתמן משבר חדש ביחסי טורקיה וישראל? משלחת טורקית רשמית שביקרה באחרונה בישראל קוראת להפסקה מיידית של החפירות שמבצעת ישראל סמוך לשער המוגרבים ולחייב את ישראל להתייעץ עם הפלשתינים לפני ביצוע של עבודות ארכיאולוגיות כלשהן במקום. כך מוסר העיתון הטורקי "אל-זמאן" (ו',16.11.07).
עקב המחלוקת בין ישראל לפלשתינים בנוגע לשיפוץ מעלה המוגרבים שלחה טורקיה משלחת לישראל (מרס 2007) לבחון את המצב מקרוב. ראש הממשלה, אהוד אולמרט, אישר את הגעתה של המשלחת בטענה ש"לישראל אין מה להסתיר".
בדוח שחיברה המשלחת, אשר עדיין לא התפרסם במלואו, נאמר כי "החפירות הארכיאולוגיות המתבצעות במעלה המוגרבים נוגעות בממצאים ארכיאולוגיים מהתקופה האומיית, האיובית, הממלוכית והעות'מאנית, ויש להביא להפסקתן המיידית". עוד מציין הדוח, כי במקום נראו צוותי העבודה הישראלים מפנים כמויות גדולות של עפר, והדבר מלמד לדברי חברי המשלחת הטורקית על פעילות החורגת ממחקר מדעי.
המשלחת הטורקית מתחה ביקורת על מה שכינתה: "פעילות מכוונת להרס השרידים הקשורים למורשת התרבותית מהתקופה האיובית, הממלוכית והעות'מאנית", וציינה, כי "ניכר בברור שאי נקיטת הצעדים ההולמים בחפירות שמבצעים השלטונות הישראלים, נועד להשמיד את הממצאים מהתקופות האיסלאמיות". עוד מסר העיתון, כי הדוח הושלם בחודש יולי, ואולם ממשלת טורקיה לא פרסמה אותו על-מנת שלא לגרום למתיחות ביחסיה עם ישראל באותה תקופה.