הוועדה לענייני ביקורת המדינה החליטה (ב', 17.12.07) לפנות למבקר המדינה על-מנת שיבדוק את תפקוד ועדת החריגים לגיור לאחר שבוועדה הצטברו תלונות על אי תפקודה של ועדת החריגים.
"ועדת החריגים הוקמה לצורך גיורים של אנשים שאינם אזרחי מדינת ישראל", הסביר הרב שאול פרבר, יו"ר עתים. "על-פי הכללים, אותם גיבש הרב הראשי הראשון לציון, הרב שלמה עמאר, אדם לא יכול להתחיל ללמוד יהדות ולהתחיל תהליך גיור לפני אישור ראשוני של ועדת החריגים. זאת בניגוד לאתוס הקיים היום בעולם היהודי, לפיו יש אינטרס גדול למנוע נישואי תערובת והתבוללות. לדבריו, באזור תל אביב יש 150 מועמדים לגיור, אך הוועדה לא התכנסה מאז אפריל".
הרב ישראל רוזן, ראש מכון צומת, הסביר כי "כל הטענות שלנו הן לגבי מקרים שבהם נציג בית הדין כבר המליץ בפני הוועדה לאשר את הגיור, ובכל זאת הוועדה סירבה. נוצר מצב אבסורדי ופרדוכסלי לפיו הרבנים לא יכולים להבין את פעילות הוועדה, נוצר מצב של לימודי יהדות במחתרת כדי שהוועדה לא תכשיל את הגיור. יוצרים אווירה של חשש ופחד".
הרב רפאל דיין, יו"ר ועדת החריגים התעלם מהטענות בדבר אי כינוסה של הוועדה בראשה הוא עומד. לטענתו, "יש אנשים שלקחו את החוק לידיהם ללא רשות וללא סמכות. הרב רוזן צפצף על הוועדה ועשה מעשה לא נבון ולא נכון, בכך שגייר בעצמו ולא המתין להחלטת הוועדה". הרב משה קליין, סגן ראש מערך הגיור במשרד ראש הממשלה הוסיף ואמר כי "אם נתגלו קשיים בכללים שקבע הראשון לציון ניתן לחזור אליו ולבקש שינוי הכללים. איננו סבורים שיש לשנות את מדיניות ההגירה של מדינת ישראל, אך יש בתוכנו מאות אנשים שהתקשרו ללא יהודים והמדינה חייבת לעשות למען אזרחיה הישראלים הקשורים בקשר כזה".
יו"ר הוועדה, ח"כ זבולון אורלב (איחוד לאומי-מפד"ל) סיכם. "מטריד אותי הפער בין הגופים השונים שהופיעו בפני הוועדה והתוצאות בשטח של עבודת ועדת החריגים. פקידים הפכו עצמם לרבנים והדבר לא מתקבל על הדעת. לכן חשוב שמבקר המדינה, שאמון על כך שהביורוקרטיה ומלחמות היהודים לא יהרגו את הגיור, יכין דוח מיוחד בנושא".