הביקורת על מינויים ותשלומי שכר חורגים ברכבת ישראל העלתה ממצאים המצביעים על התנהלות בלתי תקינה של החברה בגיוס עובדים בכירים ובקידומם. על החברה להקפיד כי הליכי בחירת עובדים בכירים ייעשו בצורה פומבית, תחרותית ותוך מתן שוויון הזדמנויות לכל מי שמעוניין להציג את מועמדותו. הליקויים החלו בתקופה שבה הייתה הרכבת יחידה ברשות הנמלים והרכבות, ובחלקם הגדול נמשכו גם בתקופה בה פעלה כחברה. ניתן היה לצפות שעם המעבר לפעילות כחברה ממשלתית תתייעל הרכבת ותקפיד לפעול על-פי הכללים שקבעה רשות החברות, אך לא כך נמצא. נוכח חומרת הממצאים, על שרי התחבורה והבטיחות בדרכים והאוצר ועל רשות החברות הממשלתיות לנקוט בצעדים הנדרשים על-מנת לוודא קיום ויישום נהלים תקינים לאיוש משרות, ובמיוחד משרות בכירות ותפקידים שלהם השלכה על בטיחות תנועת הרכבות.
