סימנים של הקיבה והמעיים, כמו בחילות והקאות, שכיחים בזמן התקפי מיגרנה. שלשול, למרות שהוא פחות שכיח, עשוי גם הוא להופיע. בקרב ילדים צעירים, התקפים חוזרים ונשנים של הקאות (הקאות מחזוריות) או כאב בטן (מיגרנה של הבטן), מיוחסים לתסמונות תקופתיות בילדות, הקשורות גם כן למיגרנות. למרות שתסמונות תקופתיות של הילדות אינן מלוות בדרך כלל בכאב ראש של מיגרנה, הן נחשבות צורה של מיגרנה. במקרים רבים, תסמונות אלו מתפתחות לכאבי ראש טיפוסיים של מיגרנה בערך בגיל בו הילד מגיע לבגרות. בנוסף, תרופות מסוימות למניעה או טיפול במיגרנות עלולות לגרום לבחילה או הקאה אצל אנשים מסוימים.