מאחר ועורכי המחקר הונו את אותם משתתפים שהיו אחראים למכות החשמל, וגרמו להם להאמין כי הם אכן פוגעים במשתתפים האחרים, מספר מומחים לאתיקה טוענים כי החוקרים הרחיקו לכת.
היו ביניהם שטענו כי המחקר לא עמד בסטנדרטים האתיים של מחקרים ומדובר בהולכת שולל ובמחקר בו לא נאמר למשתתפים כי החוקרים עשויים להונות אותם.
למרות זאת, היו שטענו כי החוקרים הקדישו מידה רבה יותר של תשומת לב למלכודת האתית של המחקר, בהשוואה לאותו מחקר שבוצע לפני יותר מ-40 שנה.
הניסוי של מילגרם נעשה לפני שנקבעו רבים מהקווים המנחים לניהול מקצועי וועדות סקירה מוסדיות (IRBs). למעשה, החשש לגבי המצב הרגשי של המשתתפים במחקר היה גורם משמעותי מאחורי התפתחות הסטנדרטים האתיים לניסויים בבני אדם.
לאור כל זאת, בורגר לא היה בטוח תחילה אם יוכל אפילו לבצע ניסוי דומה. צוות החוקרים שאיתו, נקט במספר צעדים כדי להבטיח שהעתק הניסוי של מילגרם יתאים לסטנדרטים האתיים הקיימים כיום.
ההבדל הגדול ביותר [מהניסוי של מילגרם] היה שהחוקרים הפסיקו את ההליך בשלב הרבה יותר מוקדם, ורק ביקשו מהמשתתפים להגיע לנקודה של 150 וולט. בנוסף, הם סיננו את המשתתפים בגלל החשש האתי משום שלא רצו שיגיבו לניסוי בצורה שלילית.
מומחים שהגיבו לדברים ציינו כי הצעדים שנקטו החוקרים היו פשרה מתקבלת על הדעת בפתרון הבעיה האתית של הלחץ הרגשי שהופעל על המשתתפים.
למרות זאת, מחלוקת בנושא האתי עדיין קיימת לגבי השאלה האם מותר להשתמש בדרכי הונאה, ואפילו לגרום למצוקה פסיכולוגית, כדי להגיע למסקנות מדעיות. רבים מסכימים כי לאור ממצאי הניסויים הן של מילגרם והן של בורגר לגבי הנטייה של בני אדם לציית לדמויות סמכותיות - אפילו במחיר קיצוני מסוים - השימוש בהונאה מוצדק.
בכל מקרה, רבים יסכימו כי הניסויים של מילגרם הם בין החשובים ביותר בהיסטוריה של הניסויים הפסיכולוגיים, אם לא החשוב בהם, והם עוזרים להסביר תופעות עליהן אנו קוראים בעיתון בכל יום ומתקשים להאמין להן.