מבקר המדינה מפרסם (יום ג', 17.3.09) דוח חמור ממנו עולה, כי האוניברסיטאות בארץ מתנהלות כאילו היו "ממלכה נפרדת". בין היתר מסרבות לפעול על-פי דרישות חוק יסודות התקציב שהוחל עליהן בשנת 1988; מסרבות לשתף פעולה עם הליכי הפיקוח והדרישות לדווח על חריגות שכר לממונה על השכר באוצר; מעניקות תנאים והטבות לעובדיהן ללא אישור ומבצעות חריגות שכר גבוהות.

המבקר מגלה בדוח כי מאזניהן של האוניברסיטאות אינם משקפים את המצב האמיתי שלהן וכי הגרעונות גבוהים פי כמה מהמדווח. לדבריו, בשנת תשס"ה עמד גרעון האוניברסיטאות על 17.9 מיליארד שקלים ולא 1.59 מיליארד שקלים כפי שדווח במאזניהן.

המבקר קובע כי העדר פירוט ודיווח מסודר על שכר העובדים, המרכיב העיקרי בהוצאותיהן של האוניברסיטאות, מתן תנאי שכר מועדפים, וכאמור, חריגות שכר, הם הגורמים העיקריים למצבן הקשה של האוניברסיטאות. הוא מזהיר כי אם תנאי ההעסקה המועדפים יישארו על כנם וחריגות השכר לא יבוטלו "ימשיכו האוניברסיטאות לצבור גרעונות וסכומם הכולל יהיה ניכר עד מאוד. שבר זה עלול לגרום להן שלא יעמדו בהתחייבויות וכן עלול לפגוע פגיעה קשה ביכולתן למלא את תפקידן".

בדוח כותב המבקר כי למרות שמאז 1988 חל על האוניברסיטאות חוק יסודות התקציב, הן ממשיכות לנהל חגיגות שכר ואף עושות מאמצים "תוך שימוש גורף בעקרון החופש האקדמי כדי לסכל כל ניסיון של הממונה למצוא פתרון ולהחיל עליהם פיקוח אמיתי ויעיל".

לדבריו, הממצאים הקשים שנחשפו בדוחות קודמים לא השתנו. העסקת עובדים בחוזים אישיים, תוך מתן תוספות של כ-250% מהשכר הבסיסי. חוזים אשר לא הועברו לאישור הממונה כנדרש. הענקה בכל שנה באוניברסיטת תל אביב של דרגות הצטיינות אישיות ל-15% מכלל העובדים, כאשר בשירות המדינה היה מקובל לתת דרגת הצטיינות אישית לעובדים שעמדו בקריטריונים האמורים בתנאי ששיעורם לא יעלה על 1% מסך העובדים.

לשישה בעלי תפקידים מינהליים בכירים באוניברסיטת בר-אילן ניתן שכר של פרופסור מן המניין בשיא הוותק, אף על-פי שלא נמנו עם הסגל האקדמי. ארבעה מהם החלו לקבל הטבה זו לאחר שנת 1988, חלות חוק יסודות התקציב, ושניים מהם קיבלו את ההטבה לאחר שנת 1999, "למרות הערותיהם של מבקר המדינה והממונה שניתנו באותה שנה". אותם עובדים גם קיבלו תוספת שכר בעד "הקדשת זמן מלא", שהיא תוספת ייחודית לסגל האקדמי וכן "תוספת הנהלה" בשיעור של 18%.

בחלק מהאוניברסיטאות מצאו דרך לתגמל את העובדים, העניקו להם דרגת "משנה למנכ"ל". באוניברסיטה העברית צמחו כך 25 "משני למנכ"ל". בטכניון, מזה מספר שנים, מוסיפים לשכר חברי הסגל המנהלי 6% ללא אישור הממונה על השכר כנדרש.

המבקר מציין עוד כי לפני כשנתיים העריכה הוועדה לתכנון ותקצוב של האוניברסיטאות כי העלות הכוללת של זחילת השכר החריגה של הסגל המינהלי באוניברסיטאות הסתכמה בשנים 2006-1997 בכ-258 מיליון שקלים.

עוד מותח המבקר ביקורת על אוזלת היד שמגלה הממונה על השכר באוצר האמור לאכוף את החוק על האוניברסיטאות, המתבצרות בעמדה כי החוק אינו חל עליהן ומסרבות לשתף פעולה. "יחידת הממונה קיבלה כמה פעמים מידע על תנאי שכר מועדפים ועל חריגות שכר גם באוניברסיטאות אך הטיפול שלה במקרים אלה היה חלקי ולא הגיע לידי סיום".

יתרה מכך, יחידת האכיפה של הממונה על השכר פנתה לפני כשנה לאוניברסיטאות בדרישה להתייחס לסוגיית החריגות ואף איימה כי תפעל אם לא תתקבל תגובה. "בדיקת מעקב של המבקר העלתה כי... חמישה חודשים לאחר שנשלח המכתב של הממונה עדיין לא נקטה יחידת הממונה שום צעד ממשי לטיפול בחריגות לכאורה אף שלא קיבלה את התגובה הנדרשת משלוש האוניברסיטאות".

ועד ראשי האוניברסיטאות - "לדורותיהם", כותב המבקר, "אינם חוסכים במאמצים כדי לסכל את פעולותיו של הממונה". אותם חברי ועד בזמנו, אף קיימו דיון בהשתתפות נשיאי כל האוניברסיטאות במהלכו החליטו "לעשות הכל למניעת התערבות ישירה של הממונה על השכר בענייני המוסדות".

בסיכום כותב המבקר כי "הוצאות השכר הן המרכיב ההוצאה העיקרי באוניברסיטאות ואחת הדרכים לחסוך כספים כדי להפנות משאבים גדולים יותר למילוי ייעודן העיקרי - הוראה אקדמית ומחקר, היא ביטול תנאי שכר מועדפים וחריגות שכר באמצעות פיקוח כדין של הממונה. אפשר היה לצפות מראשי האוניברסיטאות ומוועד ראשיו, כמי שמופקדים על כספי ציבור ועל ניהולם של המוסדות, שיעשו כל שנדרש וינצלו כל הזדמנות שתיקרה בדרכם כדי שהמוסדות יחסכו בעלויות וימלאו ביתר יעילות את תפקידם. אולם לא זו בלבד שהם אינם פועלים כאמור, אלא שהם עושים זה שנים רבות כל שביכולתם למנוע מהממונה לקיים על האוניברסיטאות פיקוח אמיתי ויעיל... התנהגות זו אינה עולה בקנה אחד עם האינטרס הציבורי ועם האינטרסים האמיתיים של האוניברסיטאות".