הפורום המשפטי הגיש (יום ב', 20.4.09) עתירה לבטל את ההחלטה להעניק את פרס ישראל למכון הישראלי לדמוקרטיה. זאת בטענה כי נפל פגם חמור של משוא פנים בהחלטה להעניק למכון את הפרס, פרשה שנחשפה לראשונה ב-
News1.
מדובר בפרס ישראל למפעל חיים הניתן על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה. על ההחלטה העומדת במוקד העתירה היו חתומים חברי ועדת הפרס, יו"ר הוועדה, פרופ' יעקב פרנקל, פרופ' אלה בלפר ואלוף (במיל.) יאיר נווה וכן יועץ השרה לפרסי ישראל עו"ד נחום לנגנטל והממונה על פרסי ישראל חיה הורוביץ.
בעתירה טוען בא-כוח הפורום, עו"ד יצחק בם, כי שלושת השופטים חברי ועדת הפרס שהחליטה להעניק למכון את הפרס "היו קשורים בצורה זו או אחרת למכון". יו"ר הוועדה, פרופ' יעקב פרנקל, "הוא ידידו האישי של ראש המכון". חברת הוועדה פרופ' אלה בלפר, "מצויה בקשרי עבודה מתמשכים עם המכון ומוזמנת באופן תדיר לכנסיו. פרופ' בלפר אף התארחה בכנס של המכון לדמוקרטיה בעת שמועמדות המכון לפרס ישראל הייתה תלויה ועומדת".
יתרה מכך, באמצע פברואר 2009 ארגן המכון כנס למוזמנים בלבד בנושא יחסי דת ומדינה, יחסי דתיים-חילוניים, דמותה של השבת ושאלת הגיור. "בעת שהתקיים הכנס מועמדותו של המכון הישראלי לדמוקרטיה לפרס ישראל הייתה תלויה ועומדת".
לטענת בם, בכנס נפגשו שלושה מבין ארבעת האנשים שהיו מעורבים בזכיית המכון בפרס ישראל, עו"ד נחום לנגנטל, יועץ השרה לפרסי ישראל, היה חבר בוועדת ההיגוי של הכנס ומנחה הדיון "כשדת פוגשת מדינה", פרופ' אלה בלפר והאלוף במיל. יאיר נווה, החברים בוועדת השופטים התארחו "כמקובל" במכון, "לשון נקייה לומר שחברי ועדת השופטים התארחו בכנס בקיסריה על חשבונו של המכון הזוכה בפרס".
לפיכך, טוען בם, "פשיטא כי הבחירה נפלה על המכון". למעשה, "כל מי שנגע בהחלטה להעניק את פרס ישראל למכון הישראלי לדמוקרטיה היה נגוע בזיקה זו או אחרת למכון. הצטברות הזיקות יוצרת חשש ממשי כי ההחלטה להעניק למכון הישראלי לדמוקרטיה את פרס ישראל נגועה במשוא פנים, מאחר שהן השופטים, הן היועץ, היו בעלי זיקה זו או אחרת למכון".