הפרק בדוח המבקר העוסק ברכבת ישראל אינו מחדש הרבה מעבר לידוע עד כה, כפי שפורסם בכלי התקשורת. בחברת רכבת ישראל ובמשרד התחבורה והבטיחות בדרכים נבדקו היבטים בתכנונו ובהקמתו של הקו המהיר מתל אביב לירושלים.
קו זה, שהמבקר קובע לגביו (מבלי לנמק מדוע) כי הוא פרויקט חשוב ברמה הלאומית, עוכב שנים רבות והעלות שלו הייתה הרבה יותר מן המתוכנן. "אומדני העלויות שהוצגו על-ידי הרכבת, לפני קבלת החלטת הממשלה, היו נמוכים במיליארדי ש"ח מאומדני העלויות הנוכחיים", כלשון המבקר.
משרד המבקר מאשר למעשה כי לא הייתה בקרה נאותה מצד המדיה ופיקוח הדוק כנדרש. הוא קובע כי לפני החתימה על הסכם הפיתוח היה על המדינה להקפיד ולבדוק בדיקה יסודית את הכרוך בחתימת החוזה מן הבחינה הכלכלית, ההנדסית והמשפטית, כדי להבטיח שלאחר חתימתו לא יהיה צורך בשינויים תכופים.
עוד נכתב כי בהקמתו של פרויקט זה נמצאו ליקויים רבים, בייחוד בתכנון, באומדני העלויות ובלוח הזמנים לביצועו. "למעשה הפרויקט נעצר. על כל הגופים - חברת הרכבת, משרד התחבורה ומשרד האוצר - מוטלת האחריות להפיק לקחים, כדי למנוע פיגורים נוספים וגידול בעלויות בהמשך הקמתו ובהקמתם של פרויקטים אחרים בעתיד".
