התנגדות לדיון המערכתי הביע גם בא-כוח האישה עו"ד רפאל שטוב. הוא האשים את בית המשפט העליון בניסיון "לתפוס טרמפ" על מקרה פרטי כדי לבצע מהלך של "עשיית סדר עולמי" על גב האישה, וביקש "לגמור את התיק בשקט".

השופט רובינשטיין אמר בתגובה כי בית המשפט "אינו מחפש תיקים", והתיק הגיע משום שבית הדין הרבני הוא זה שהרחיב את היריעה מעבר למקרה הפרטי. בית הדין הרבני, לדבריו, "לקח את המקרה הזה ונתן החלטה מבלי לשמוע את האנשים, והלם על ראשם של אלפי גיורים. לומר עכשיו שלא צריך ברשות הרבים, מי שרצה בחדרי חדרים היה לו אפשרות פשוטה לעשות זאת".

כאמור, בתום הדיון הורתה השופטת ביניש לבתי הדין הרבניים להשיב בתוך 90 יום מדוע לא יבטלו את פסק הדין. "אם יש פתח בהחלטה של נשיא בתי הדין להעביר את העניין לדיון בבית דין אזורי, אני חושבת שאתם צריכים לשקול מבחינת העותרת. זה לא סותר את ההחלטה שלנו ולא בהכרח יכריע את גורל העתירה. תשקלו אם יש לכם דרך לסיים את זה אחרת".

אחד מבאי-כוח הארגונים העותרים, עו"ד ד"ר אביעד הכהן הגיב לדברי השופטת ביניש ואמר: "אני שומע את המוזיקה שבה נאמרים הדברים. היינו שם ונשקול גם זאת".

האישה עתרה לבג"צ להורות לבטל את ההחלטה ולהוציא אותה ואת ילדיה מרשימת פסולי החיתון. לצידה בעתירה מול בתי הדין הרבנים והיועץ המשפטי לממשלה התייצבה שורה של ארגונים ועמותות שעניינם יחסי דת ומדינה. מדובר במרכז צדק לנשים, נעמת, ויצו, נאמני תורה ועבודה, מבוי סתום, אמונה, קולך, מרכז רקמן לקידום מעמד האיש, ג.ר.נ.י.ת., שבות עם, מוסדות אור תורה סטון ומרכז צדק לנשים.

במהלך הדיון הביעו שופטי בית המשפט העליון, הנשיאה דורית ביניש, אילה פרוקצ'יה ואליקים רובינשטיין, דאגה לנוכח האפשרות כי הם מצויים בפתחו של שטפון עתירות שעניינן פסילת גיורים. השופטת ביניש ציינה כי מדובר בבעיה מהותית הנוגעת לכל הגיורים. השופטת פרוקצ'יה אמרה כי למעשה השאלה העומדת על הפרק היא "מה מסגרת הסמכות של בית דין רבני לבוא ולבטל גיור שנעשה? מה התנאים לכך, והאם בכלל קיימת סמכות כזו?"

היועץ המשפטי, באמצעות באת-כוחו עו"ד עינב גולומב, הצביע על הקושי הטמון בהכרעה "מערכתית" בסוגייה. "גט הוא מעשה פרטי ובית הדין מפקח עליו. בסוף ההליך ניתן מעשה בית דין וזה מסמך הלכתי שהצדדים מותרים להנשא. אלה הנהלים הרגילים המחייבים כאשר אדם ניגש להינשא מחדש".

גולומב הדגישה כי שאלת סמכותו של בית הדין להדרש לשאלת יהדותו של אדם מורכבת: "מצד אחד יש תעודת המרה שהחוק קבע במדינת ישראל ואת מידת תקפותה לעניין סמכות בית דין. מצד שני יש בית דין דתי שסמכותו אם אדם יהודי או לא, באה לפתחו. האם במצב כזה בית דין רבני אינו רשאי לברר מהותית האם אדם יהודי והוא מחויב לתעודה על-פי פקודת ההמרה, היא שאלה מורכבת. איני מכירה בפסיקה שאנו כופים דין יהודי".

גולומב סימנה, עם זאת, מוצא לקושי הטמון בפרשה זו, פתרון פרטני לאישה העותרת. היא ציינה כי שלא כמו הלכות בית משפט העליון המחייבות ערכאות נמוכות, פסק דין של בית הדין הרבני הגדול אינו מחייב בתי דין אחרים. לפיכך קיימת הצעה להפנות את הנושא לדיון נוסף בבית דין אזורי - לקבלת פסק דין אחר. "יש מספיק פגמים להביא לביטול פסק הדין", אמרה והוסיפה כי עמדתה היא שיש לאפשר למערכת בתי הדין הרבניים "לייצר פתרון אחר".

בא כוח בתי הדין הרבניים, עו"ד יעקובי, טען גם הוא כי יש לאפשר למערכת בתי הדין הרבניים לערוך בדיקה נוספת, פרטנית, בנושא באמצעות דיון נוסף בבית דין אזורי. הוא רמז כי בכך ייתכן ויימצא פתרון. "יכול שבית דין הרבני האזורי, לאחר שיברר, יגיע למסקנה שמדובר ביהודיה וממילא אין מקום להשאיר אותה ברשימת מעוכבי הנישואין ואין סיבה למנוע ממנה להנשא לכל בן-ישראל והשאלה לא תעלה לבית הדין הרבני הגדול".

עו"ד יעקובי טען עוד כי השאלה הניצבת בפרשה היא "מי הוא גר אורתודוכסי" וכי אין מקום שבית המשפט העליון יעסוק בכך. "זו שאלה לתחום הדתי, לדין הדתי". "לכם", השופטים, אמר יעקובי, "אין כלים להתמודד עם שאלות אלה".