הבחירות לרבנים הראשיים נערכו (יום ב', 14.4.03) אחר-הצהריים, כאשר המערכת הפוליטית גועשת. בסופו של יום נבחרו הרב יונה מצגר (אשכנזי), שקיבל 63 קולות (מתוך 145 קולות), והרב שלמה משה-עמר (ספרדי), שקיבל 131 קולות. על-פי התוצאות, החרדים ניצחו הפעם בבחירות לרבנות.
ארבעה התמודדו על תפקיד הרב הראשי האשכנזי - יעקב אריאל, שלמה דייחובסקי, משה ראוכברגר ויונה מצגר; לתפקיד הראשון לציון מועמדים - שלמה משה-עמר, אליהו אברג'יל, רצון ערוסי ושמואל אליהו.
ההצבעה התקיימה כאשר ברקע מעיב מכתבו של היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, שביקש לפסול את הרב מצגר - בגלל מעשים בלתי נאותים, כטענתו של היועמ"ש. רובינשטיין ביקש מהוועדה לשקול האם לפסול את מצגר. הוועדה דחתה את בקשתו.
הרב יעקב אריאל זכה לתמיכה של המפד"ל והליכוד, ונחשב לבעל הסיכויים הגבוהים ביותר. רבה של צפון תל אביב, יונה מצגר, נתמך על-ידי יהדות התורה. הרבנים הראשיים היוצאים, הרב לאו והרב בקשי דורון, יצאו השבוע בקריאה גלויה שלא להצביע עבורו.
הרב שלמה דיכובסקי, אב בית הדין הרבני הגדול ומרצה למשפטים, נתמך על-ידי מפלגת העבודה, והתמודד לרבנות למרות הוראה מפורשת של הרב אלישיב, שיעזוב את המירוץ לטובת מצגר. הרב משה ראוכברגר, רב שכונה מחיפה, נחשב בעל סיכויים נמוכים.
הרב שלמה משה-עמר, רבה של העיר תל אביב, נתמך על-ידי ש"ס. הרב שמואל אליהו, רבה הראשי של צפת, זכה לתמיכה חלקית מחוגים במפד"ל ובליכוד. הרב רצון ערוסי, רבה של קריית אונו ומרצה למשפטים, הרב אליהו אברג'ל אב בית הדין בבאר שבע.
הבחירות התקיימו בבית מלון בירושלים. הקלפיות ניפתחו בשעה 15:00 אחה"צ וננעלו כעבור שעתיים. הגוף הבוחר את הרבנים הראשיים מונה 150 איש: רבנים, נציגי ציבור, שרים וחברי כנסת. התוצאות נודעו לקראת ערב.
משימתם הראשונה של הרבנים שייבחרו, תהיה מכירת החמץ המסורתית של המדינה, שתיערך מחר (יום ג').
לפני שבועיים עתרו כמה מועמדים לבג"צ, לאחר שוועדת הבחירות פסלה אותם בשל חתימות כפולות של כמה מחברי הוועדה. בג"צ החזיר את הנושא לוועדת הבחירות, וזו אישרה את מועמדותם.
שני הרבנים הראשיים לישראל לשעבר: הרב ישראל מאיר-לאו והראשון לציון אליהו בקשי דורון, סיימו את תפקידם לפני שבועיים.
אתמול (יום א'), בתוכנית 'מבט לחדשות' בערוץ הראשון, נטען כי הרב הראשי של צפת, הרב שמואל אליהו, נחקר בחשד להסתה. הרב אליהו אמר בתגובה, הבוקר לערוץ 7, כי מדובר בכוונה לחבל בהתמודדותו על תפקיד הרב הראשי הספרדי לישראל.
ימים אחדים לפני כן, פורסמה ידיעה בגלי צה"ל, כך מדווח ערוץ 7, לפיה, הרב יעקב אריאל, אף הוא מועמד לכהונת הרב הראשי, שיגר מכתב למנהיג הפלג הליטאי בעדה החרדית הרב יוסף שלום-אליישיב, ובו נטען כי בשנת שמיטה הוא, הרב אריאל, יתנגד להסדר "היתר מכירה".
בתגובה אמר הרב יהודה עמיחי, ראש מכון "תורה וארץ", ועוזרו של הרב יעקב אריאל, לכתבת ערוץ 7, כי הדבר "לא היה ולא נברא", וכי מדובר בידיעה שקרית, שמקורה, כפי הנראה, בגורמים אינטרסנטיים פוליטיים בעולם החרדי".