בחוזה ההפצה של "ישראל היום" עם רכבת ישראל הסכים העיתון לא לפרסם דברים העלולים לפגוע באינטרסים של הרכבת. בחוזה, שהגיע לידי TheMarker, נכתב כי הרכבת תמנה מתאם שיוכל לפסול תכנים שכוללים "דבר העלול לפגוע באינטרס של הרכבת, לרבות תדמיתה בפני הציבור". עוד נקבע בחוזה כי המתאם יוכל לקבל לידיו כתבות ופרסומות בטרם הודפסו ולדרוש כי יוכנסו בהן שינויים.
נספח שצורף לחוזה ביטל לכאורה את הסעיפים האלה מאחר שנכתב בו כי "בקרת הרכבת על תוכני העיתון תיערך, ככלל, בדיעבד". עם זאת, גם בנספח נקבע בפירוש כי "מאושר בזאת עקרונית רק תוכן עיתון אשר אינו סותר את ההוראות של סעיף 6 להסכם". מדובר בסעיף הכולל את הדרישה לא לפרסם ידיעות העלולות לפגוע באינטרס של הרכבת, וכן ידיעות שיש בהן הוצאת דיבה, פגיעה בזכויות יוצרים וכיוצא בזה.
לבקשת TheMarker בדקה חברת יפעת מידע תקשורתי את סיקור הרכבת ב"ישראל היום" ב-45 הימים האחרונים. בתקופה זו הופיעו בעיתון שלוש ידיעות בלבד שעסקו ברכבת באופן ישיר. ידיעה אחת הייתה אודות רכבת שפגעה במכונית אשר עצרה על הפסים. בידיעה נכתב כי הנהג לא היה יכול לעצור בהתראה הקצרה שקיבל. ידיעה שנייה עסקה בעליית מחירי הנסיעה ברכבת ובאוטובוסים. ידיעה שלישית הייתה ביקורתית כלפי הרכבת, ועסקה בעיכובים ארוכים בשל קריעת כבל תקשורת. בידיעה צוטטו נוסעים שאמרו כי "זה ביזיון, כמו במדינת עולם שלישי" וגם נכתב כי הנהלת הרכבת לא מצאה לנכון להודיע לנוסעים על העיכוב.
לצד ההגבלות שהוא מטיל על "ישראל היום" כולל החוזה עם רכבת ישראל גם התחייבות של העיתון לפרסם ללא תמורה בכל מהדורה שני עמודים שיכללו פרסומות או כתבות של הרכבת. במקום אחר בחוזה נכתב כי העמודים שתקבל הרכבת יהיו חלק מעמודי התוכן ולא עמודי פרסום. ברכבת ישראל הכחישו כי החברה מקבלת עמודי תוכן, ואמרו שמדובר בעמוד פרסום אחד שמופיע פעם בשבוע.
בסעיפים נוספים בחוזה נקבע כי "ישראל היום" יפיץ ברכבת לפחות 50 אלף עותקים ביום (כ-20% מהעותקים המודפסים כיום) וכי בכל מהדורה יהיו לפחות 16 עמודים.
בחוזה מפורטים קנסות שיכולה להטיל הרכבת על "ישראל היום". למשל, אם דיילי העיתון יפריעו לנוסעים או לפעילות התחנה ייקנס "ישראל היום" ב-1,000 שקל.
מהרכבת נמסר בתגובה: "רכבת ישראל היא חברה ממשלתית הנותנת שירות ציבורי, ולכן שמרה לעצמה את האפשרות להתערב בתכנים המפורטים בחוזה. יש לציין שגם ככה התנאים מתקיימים בכל מערכות העיתונים. חשוב להבהיר כי עד היום לא התערבה רכבת ישראל בתכנים שפורסמו. רכבת ישראל אינה מקבלת עמודי תוכן ב'ישראל היום', אלא עמודי פרסום בלבד - שבהם היא משתמשת לטובת הנוסעים".
מ"ישראל היום" נמסר: "מדובר בחוזה שנוסח עוד בתקופת החינמון?ישראלי'. כל העיתונים המחולקים ברכבת חתמו על חוזה דומה, ובכלל זה ?24 דקות' של ?ידיעות אחרונות' ו'ישראל פוסט'. העניין מעולם לא עמד למבחן, ו'ישראל היום' לא ראה עצמו מעולם מוגבל בסיקור הרכבת. איננו מעבירים לרכבת את העיתון לפני פרסומו ואין כל צנזורה. אם תתעורר בעיה ברור לגמרי כי העיתון שאינו מחולק ברכבת חופשי לכתוב כל מה שהוא רוצה, כאשר בתוך הרכבת אנו כפופים לכללים של הרכבת".
