בית המשפט העליון נמנע ממתן צו החלטי, שיאסור על הממשלה בכלל וראש הממשלה אהוד ברק בפרט, לנהל מו"מ עם הפלשתינים. בכך דחה חמש עתירות שהוגשו בנושא.
בית המשפט העליון התמקד בבחינה המשפטית של הנושא. במקביל נמנע הוא מבירור הסוגיה מבחינה ציבורית, ערכית ומוסרית.
בפסק דין המחזיק 23 עמודים, שאת עיקרו כתב הנשיא אהרן ברק, קבע בית המשפט, כי אין מקום להתערב בפעולות הממשלה, שכן זו - הפועלת כממשלת מעבר - מוסמכת על-פי החוק לבצע כל פעולה שרשאית לעשות ממשלה שאינה ממשלת מעבר. פסק הדין ניתן ברוב של שישה שופטים, כנגד דעתו החולקת של השופט יעקב טירקל.
בפסק הדין נקבע, כי טענת העותרים לפיה אין דרך - זולת בית המשפט העליון - לכבול את ידי הממשלה, כממשלת מעבר, אינה נכונה עובדתית. הכנסת החמש-עשרה ממשיכה לכהן, כתב ברק. היא ממשיכה במלאכת החקיקה. היא יכולה להמשיך בביקורתה על פעולותיה של הממשלה היוצאת. בידיה הכלים הדרושים לכך.
פסק הדין "כבל" במקביל את ידי הממשלה, כאשר הוא מקבל - ונותן תוקף של פסק דין - להודעת היועץ המשפטי לממשלה, לפיה "אם ייחתם הסכם כלשהו בין נציגי הממשלה היוצאת לבין נציגי הרשות הפלשתינית, ייקבע בהסכם עצמו, כי תנאי לתוקפו של ההסכם במישור הבינלאומי יקבל את האישורים הנדרשים על-פי הדין הפנימי, ובכלל זה יאושר על-ידי הממשלה ועל-ידי הכנסת".
המשנה לנשיא שלמה לוין הסכים עם פסק דינו של ברק, אך אוסיף משלו. לגישתו, הטעם המרכזי לדחיית העתירה אינו הסעד החלופי הקיים בפני העותרים (כנסת ישראל), אלא דווקא העובדה שהנושא נתון למחלוקת פוליטית חריפה. אלמלא זאת, ואלמלא העובדה שלכנסת יש את היכולת החוקית לומר את דברה בנושא, "היה עלי להחליט אם הונחה לפנינו תשתית המצדיקה קביעה שהממשלה היוצאת חרגה באופן משמעותי וחד-משמעי מתחום פעולתה כממשלה יוצאת".
השופט יעקב טירקל המליץ, בדעת מיעוט, לקבל את העתירות. שוכנעתי, הוא כתב, "כי ניהול המשא והמתן המדיני בין הממשלה לבין הרשות הפלשתינית כשלעצמו - שלא לדבר על הסכמים והבנות שאולי יושגו במהלכו - עלול לכבול את ידיהם של ראש הממשלה ושל הממשלה הבאה, אם ייבחר ראש ממשלה אחר". בשל המועד הקרוב של הבחירות, הוא כותב, "השאלה היא אם ניהולו של המשא והמתן בתקופה סמוכה כל כך למועד הבחירות המיוחדות, מצוי במתחם הסבירות". על כך הוא משיב בשלילה.
השופט יצחק זמיר כתב גם הוא את דעתו, אך בשורה התחתונה הסכים עם קביעותיו של הנשיא ברק.
ברוב קולות הסכימו כל השופטים: בית המשפט העליון מוסמך לבחון נושא זה לעומקו, ולפסוק גם בנושא זה. ובמילים פשוטות: בית המשפט העליון מוסמך לדון גם בנושא פוליטי זה, השנוי במחלוקת עמוקה.
