המשטרה נמנעה מלחקור בזמן אמת את טענת ההגנה המרכזית של יעקב וינרוט בנוגע למדיניותו בתחום שכר הטירחה. הפרקליטות לא דייקה בטיעונים שהעלתה בבית המשפט ובמספר מקרים אף ניתן לטעון, כי לא אמרה את האמת. כך עולה מפסק דינו של השופט גלעד נויטל.

וינרוט טען, כי העובדה שלא גבה משוקי ויטה שכר טירחה בעד חלק משירותיו, ואילו בעד אחרים גבה פחות מ-20,000 שקל, הייתה רגילה בנורמות העבודה של משרדו. המדינה טענה, כי מדובר בגירסה כבושה שהעלה וינרוט רק בבית המשפט, אך נויטל קובע שלא כך הוא, ושהמשטרה הייתה יכולה לבדוק אותה כבר בזמן החקירה בפרשה.

וינרוט סיפק למשטרה נתונים על שכר הטרחה שגובה משרדו, ובחקירתו אמר במפורש: "תבואו למשרד, אני לא יהיה במשרד, אתם תתפסו את מנהל החשבונות שלי, תיקחו את רשימת התיקים, תיקחו את רשימות שכר הטרחה, תיקחו כל שכיר שעבד במשרד, או עובד במשרד ותשאלו אותו, תשאלו אותו כמה וינרוט לוקח משכיר, כמה פעמים וינרוט לא לוקח שכר טירחה... אתם נכנסים לרשימת תיקים, מול רשימת שכר טירחה אצל [החשב] אלי אוחיון, או שאתם לוקחים שכיר, שכיר, עוברים חדר, חדר, כשאני איננו במשרד... תבואו מתי שאתם רוצים...תקבלו אצלי הכל".

נויטל אומר: "נראה איפוא, שהמשטרה יכולה הייתה, עוד במהלך החקירה, לבדוק את הנהוג במשרד נאשם 2 [וינרוט] לגבי לקוחות אחרים, ולהשוות לעניינו של נאשם 1 [ויטה]. דברי נאשם 2 לעיל מהווים מענה גם לטענת התביעה שלפיה נאשם 2 כשל בהבאת נתונים. והרי המשטרה יכולה הייתה גם לבדוק בעצמה".

טענה נוספת של הפרקליטות הייתה, כי וינרוט פעל במכוון להסתרת מידע כדי שלא יהיה ניתן להפריכו, בהביאו את כמות הראיות שהוצגה בטבלאות השונות במהלך המשפט, ובכך מנע את בדיקתן. נויטל דוחה גם טענה זו, ומצביע על כך שהיא אינה עומדת במבחן המציאות:

"איש לא מנע מהתביעה (או מהמשטרה) לבדוק את הדברים. התביעה דרשה במשפט, שההגנה תרכז את הנתונים בטבלאות לפי שם לקוח, מועד טיפול, מהות הטיפול, זהות נותן השירות, היקף הטיפול, שכר טירחה כולל מע"מ, פירוט חשבונית מס, האם הלקוח או קרוביו היו מטופלים בעבר או בעתיד, לרבות חברות קשורות, פירוט חשבוניות, האם הלקוח עובד ציבור או קשור לעובד ציבור, ובכך לייתר חקירה נגדית. ההגנה הגישה טבלאות בהתאם. התביעה אף הצהירה שתוכן הטבלאות ייחשב עדות ראשית של נאשם 2, כשהיא שומרת על זכותה לחקור חקירה נגדית ככל שתמצא לנכון. כשהתביעה ביקשה לעיין בתיק מסוים, ההגנה הודיעה שמיד אחרי אותו דיון בביהמ"ש, התיק יימצא".

במקרה אחר מצביע נויטל על אי אמירת אמת מצד הפרקליטות. רו"ח זאב פלדמן, שייצג את לקוחותיו של וינרוט מול פקיד שומה גוש דן, נפצע בתאונה ב-26.10.02. התביעה טענה, כי פלדמן היה מושבת בביתו עקב פציעתו במשך חודשיים, ולכן וינרוט הוא שנשא ונתן ישירות מול ויטה בעניין הסכם גרטלר. ואולם, מציין נויטל, פלדמן לא טען שפציעתו השביתה אותו מעבודה.

"התביעה טענה: פלדמן לא סיפר לחוקרים שהוא היה פצוע בתקופה הרלוונטית למו"מ בעניין גרטלר וצ'רנוי, כיוון שהוא רצה להראות כאילו שהוא היה הנושא ונותן בעניינם של גרטלר וצ'רנוי. עוד עולה מטענת התביעה: פלדמן נמנע מלספר במשטרה את דבר התאונה, כי ידע שמידע זה עלול להזיק לנאשמים. ואולם: פלדמן כן סיפר על התאונה בחקירתו במשטרה, וביוזמתו", מציין נויטל - ומצטט מסמך שהגישה התביעה עצמה.

טענה נוספת של הפרקליטות שהופרכה בידי עדיה שלה הייתה, כאילו ויטה הסכים לקבוע שצ'רנוי וגאידמק הם בעלי הון (בהתאמה) של 2 מיליארד דולר ומיליארד דולר. נויטל קובע: "מעדותם בבית המשפט של אנשי מקצוע מתחום המס - עדי תביעה - עולה שלא ניתן לשלול את גירסת ההגנה שלפיה העובדות שבמבוא להסכמים (ה"הואילים") הן הצהרות הנישום ותו לא, שמס הכנסה לא נחשב כמי שהסכים עם ההצהרות הללו, ואיננו מאשרן".