בפברואר 1997 רכשה חברה פרטית בתחום הבנייה קרקע, חילקה אותה ל-26 מגרשים והעמידה אותם למכירה. בין רוכשי המגרשים מהחברה היו עובד בכיר ברשות המיסים וקרוב משפחתו, שכל אחד מהם רכש בשנת 2004 מגרש. החברה לא עמדה בהתחייבויותיה לרשות, והרשות עיקלה את המגרשים. הביקורת העלתה, כי הרשות עשתה עם שני הרוכשים הללו הסדרי מיסוי חריגים שבהם נתנה הנחות מס ניכרות: כל אחד מהם שילם רק 48,000 שקל בעוד החוב היה 149,000 שקל.
סמנכ"ל בכיר ברשות המיסים, זאב פורת, אישר לוותר לעובד הרשות ולקרובו, על-פי בקשתם ועל-פי המלצת משרד מיסוי מקרקעין רחובות, על תשלום של מלוא הריבית שנצברה על חלקם היחסי בחובות של החברה לרשות - ויתור שלא ניתן לרוכשים אחרים של המגרשים.
עובד הרשות וקרובו הצהירו בינואר 2005, כי רכשו כל אחד את המגרש תמורת 262,320 שקל. מהצהרה זו צריך להיגזר מס הרכישה המתחייב. אולם, בהצהרת החברה שהוגשה לרשות ב-2007 נאמר, כי השניים שילמו 677,660 שקל כל אחד, בדומה לרוכשים האחרים; רשות המיסים לא בדקה את פשר הפער.
הנושא הועבר על-ידי משרד
מבקר המדינה ליועץ המשפטי לממשלה, והוא הודיע, כי לא נמצאה תשתית מתאימה לפתיחה בחקירה פלילית. עם זאת, לדעת משרד מבקר המדינה, מדובר בדרך פעולה שאינה תקינה עד כדי חשש לפגיעה בטוהר המידות. על רשות המיסים לבדוק את אופן הטיפול בעובד הרשות ובקרובו, לגבות מהם את המס בצורה שוויונית כנדרש, להסיק את המסקנות הפרטניות וכן לקבוע כללים ברורים ודרכי בקרה לטיפול באירועי מס של עובדי הרשות, כדי למנוע מקרים דומים בעתיד.
אין הצלבת מידע בין משרדי השומה לבין החקירות
משרד מבקר המדינה בדק את תהליך הטיפול של רשות המיסים בחקירות שבהן יש חשד לעבירות פליליות. ברוב המקרים שבהם הועלה, במהלך בדיקת דוחות של נישום, חשש לביצוע עבירות של העלמת הכנסות, המידע לא הועבר למשרדי השומה לחקירות. מאידך, לא תמיד השתמש משרד השומה האזרחי במידע על הכנסות הנישום, שהועבר לו ממשרד השומה לחקירות, לצורך קביעת השומה של הנישום.
הרשות לאיסור
הלבנת הון ומימון הטרור אינה מעבירה מידע לרשות המיסים, למרות שחוק חוק איסור הלבנת הון טרם תוקן באופן שיאפשר העברת מידע כזה, למרות שעוד בשנת 2003 הומלץ לעשות זאת.
לא פעם הטיפול של הפרקליטויות בתיקים שהועברו ממשרדי השומה לחקירות נמשך כמה שנים וחלים עיכובים בהגשת כתבי אישום. וכתוצאה מכך חלק מהתיקים נסגרים משום שהחקירה הסתיימה זמן רב לפני כן. כמה מהנישומים שהמירו את האישום הפלילי בכופר לא עמדו בהסדר הכופר, חלק מתיקים אלו נסגרו ללא כתב אישום, וכך יצא החוטא נשכר.
המבקר ממליץ לרשות המיסים לבחון דרכים שיאפשרו לקצר ככל האפשר את ההמתנה מסיום החקירה ועד להגשת כתב האישום, ובכלל זה לבחון את האפשרות להרחיב את נוהג הגשת כתבי אישום על-ידי משרדי השומה עצמם, בלי להזדקק לפרקליטות. יש לאפשר את גביית סכומי הכופר שנקבעו אך לא שולמו באמצעי גבייה, כדוגמת עיקולי מיטלטלין או עיקולים באמצעות צד שלישי (עיקולי בנקים, משכורת וכדומה).