טענות הסיעות הדתיות ליד קלה על ההדק מצד משרד העבודה, באישור עבודות בשבת אינה חדשה. פרוטוקולים של ועדת העבודה והרווחה משנות השבעים, אחרי שנחקק חוק שעות עבודה ומנוחה, באשר ליישום החוק מראים כי בשל עמימות החוק בכל הקשור לצרכים חיוניים לדעת שר העבודה. כך למשל, למורת רוחם של חברי כנסת דתיים, אושרה הפעלת רכבל למצדה מטעם זה.

אולם פרט נוסף שחושף פרוטוקול משנת 1972 שהגיע לידי News1 הוא האופן בו אמור משרד העבודה לתת אישור לעבודה של חברה ממשלתית בשבת. ידידיה אהרנסון, מפקח העבודה הראשי במשרד שהיה ממונה על תחום חוק שעות עבודה ומנוחה בתקופתו של השר יוסף-אהרן אלמוגי (המערך), גילה לחברי הוועדה כי בכל מקרה בו נדרש אישור עבודה למשרד ממשלתי או לחברה שמדיניותה נקבעת על-ידי הממשלה, דורש האגף בראשותו אישור מגורם בר-סמכא במשרד, כגון: סגן שר או מנכ"ל המשרד. כך למשל, לחברה ממשלתית הכפופה למשרד התחבורה נדרש אישור ממנכ"ל המשרד.

הנחיה זו, שלא ברור אם אי-פעם בוטלה או שפשוט לא יושמה בשנים האחרונות, מעמידה באור אחר את פרשת עבודות חברת רכבת ישראל בשבת. שר התחבורה ישראל כ"ץ טען כי הוא אינו מוסמך לבטל היתרים שנתן שר העבודה חיים כץ. כ"ץ צודק חלקית. כלומר, סמכות אישור היתרי העבודה או ביטולם אכן מסורה בלעדית לשר העבודה הממונה על יישום החוק, אולם שר התחבורה אינו פטור מאחריות בהיותו המשרד הממשלתי המזמין את העבודה. עם זאת, עיקר האחריות היא כאמור על מינהל אכיפה והסדרה במשרד העבודה, שלא דרש מרכבת ישראל להביא אישור מלשכת שר התחבורה או מלשכת מנכ"ל המשרד.

בסוף השנה שעברה, ביקש שר הכלכלה דאז אריה דרעי, לחדש את הנוהל ודרש מרכבת ישראל להביא אישור משר התחבורה שאכן מדובר בעבודות שהכרחי כי יבוצעו בשבת. השר כ"ץ סירב, בטענה שדרעי ממציא את הגלגל, טענה שכאמור לעיל אינה נכונה. דרעי לא אישר את בקשות ההיתרים.

רכבת ישראל ניגשה לבג"ץ והגישה עתירה נגד שרי התחבורה והכלכלה. עצם הגשת העתירה היווה חריגה מהוראות ישנות של היועץ המשפטי לממשלה הקובעות חד-משמעית כי נגד משרד ממשלתי לא תוגש עתירה לבית המשפט על-ידי משרד ממשלתי אחר או כל גוף ממשלתי. בג"ץ, שכנראה לא היה מודע להנחיה האמורה וגם לא שמע עליה ממחלקת הבג"צים בפרקליטות, הורה למדינה להשיב לעתירה, אך עם כניסתו של רה"מ בנימין נתניהו לתפקיד שר הכלכלה - ויתר על הדרישה שהציב דרעי, והעתירה התייתרה.

כעת נותר להמתין האם במסגרת נסיונו של ראש הממשלה נתניהו לפתור את המשבר הקואליציוני מול הסיעות הדתיות, יורה על טיוב עבודת הממונה על ההיתרים כך שמנהל תחום עבודה ומנוחה במשרד העבודה ישוב וידרוש אישור של משרד ממשלתי לכל עבודה אותה מבקשת חברה ממשלתית.

בתוך כך, אמר השר חיים כץ בראיונות סוף השבוע כי בהיותו באיטליה היה הוא זה שאישר לראש הממשלה לבטל את עבודות הרכבת בשבת. במהלך השבת האחרונה בוצעו עבודות אחדות. משרד העבודה הטיל עמימות על המקומות בהם מתבצעות העבודות. ברכבת ישראל יחליטו ביממה הקרובה האם יקוצר משך העבודות בסוף החודש שתוכננו להתבצע 8 ימים כך שיימשכו 7-6 ימים והיתר יושלם בימים אחרים.