ישראל היא שהשמידה את הכור הגרעיני הסורי ליד דיר א-זור ב-6.9.07 - אושר לראשונה באופן רשמי (יום ד', 21.3.18), לאחר עשור בו השמדת הכור יוחסה לישראל בפרסומים זרים ונתקלה בשתיקה ישראלית.
בסוף 2006 החלה ישראל לחשוד שסוריה מפתחת בחשאיות מוחלטת תוכנית גרעינית, העלולה להביא אותה ליכולת לייצר נשק גרעיני. המוסד יצא למספר מבצעים ברחבי העולם, שלא הניבו ראיות לכך, בעוד במקביל ישראל עוסקת בעיקר במאבק נגד האיום הגרעיני האירני. אולם בפברואר 2007 השיג המוסד "ראיית זהב" שהוכיחה שסוריה אכן מקימה את הכור. על-פי פרסומים זרים, הסוכנים הצליחו לשאוב מידע ממחשבו האישי של איבראהים עותמן, ראש הוועדה הסורית לאנרגיה גרעינית, ומצאו בו תמונה של כור גרעיני המופעל בפלוטוניום שנבנה במודל צפון-קוריאני (ובסיועה הישיר של פיונגיאנג).
במארס 2007 הציג ראש המוסד דאז,
מאיר דגן המנוח, את המידע בפני ראש הממשלה דאז,
אהוד אולמרט, שר הביטחון דאז,
עמיר פרץ, והרמטכ"ל דאז,
גבי אשכנזי. הכור הסורי עלה לראש סדר העדיפויות הישראלי, כאשר אולמרט מוביל את הדיונים בנושא שהתקיימו בחשאיות מוחלטת. אשכנזי הורה למפקד חיל-האוויר דאז,
אליעזר שקדי, להכין תוכנית להשמדת הכור למקרה שהדרג המדיני יורה לפעול מיידית.
שותפי הסוד המעטים נפגשו מדי יום שישי במעון ראש הממשלה והתעדכנו במידע על הקמת הכור ועל התוכניות להשמדתו. בשלב הראשון היה צריך לאתר את הכור, עד שנקבע שמדוב במבנה מרובע ליד העיירה דיר א-זור שבצפון-מזרח סוריה. לאחר מכן היה צורך לברר האם הכור כבר פעיל, ואם לא - מתי יהיה פעיל. לישראל היה ברור, שלא ניתן להשמיד כור פעיל בשל ההשלכות ההרסניות שיהיו לענן הרדיואקטיבי שיתפשט. פרק הזמן העומד לרשות ישראל לפעולה היה נושא לעשרות דיונים מקצועיים של אנשי אגף המודיעין, המוסד והוועדה לאנרגיה אטומית.
באפריל 2007 החליט אולמרט לשתף במידע את נשיא ארה"ב דאז,
ג'ורג' בוש, ואת ממשלו. גם האמריקנים הופתעו, מאחר שלא ידעו דבר על הכור הסורי והתמקדו בתוכניות הגרעין של אירן ו
קוריאה הצפונית. לאחר זמן קצר עודכנו גם חברי הקבינט, שאישרו את תוכנית התקיפה של חיל-האוויר שעברה שורה של שינויים והתאמות.
ב-19.6.07 החליף
אהוד ברק את פרץ בתפקיד שר הביטחון, ממנו נאלץ פרץ להתפטר בשל הביקורת הציבורית הקשה על ניהול מלחמת לבנון השנייה בשנה הקודמת. מיד עם כניסתו לתפקיד הורה ברק לבדוק מחדש את התוכניות - צעד שמעורר עד היום מחלוקת בינו לבין אולמרט. ברק אומר, כי רצה לבחון את כל החלופות; אולמרט מאשים אותו בהססנות ובכך שביקש לדחות את הפעולה עד שיוכל להתמנות בעצמו לראש הממשלה וליטול את הקרדיט עליה.
במקביל נערך צה"ל לאפשרות של מלחמה, מתוך הנחה שנשיא סוריה,
בשאר אסד, עלול להגיב בצורה צבאית נרחבת על השמדת הכור ולתקוף בטילים את עריה הגדולות של ישראל. צה"ל החל לצבור מלאים ולהעלות את כשירותן של היחידות הלוחמות - בין היתר במסווה של תיקון לקחי מלחמת לבנון השנייה. ישראל המשיכה במגעים רצופים עם ארה"ב בניסיון לשכנע את וושינגטון לתקוף את הכור, כדי למנוע מלחמה עם סוריה. אולם בסוף יולי 2007 הודיע בוש לאולמרט שלא יתקוף ולמעשה נתן לישראל אור ירוק לעשות זאת בעצמה.
בחודש אוגוסט הואצו ההכנות האוויריות והיבשתיות, כולל למקרה של מתקפה סורית אפשרית ברמת הגולן. אז גם התגבשה ההחלטה שלא ליטול אחריות על השמדת הכור, מתוך הנחה שעמימות כזאת תשמור על כבודו של אסד ולכן תפחית את הסיכוי לתגובה סורית - הנחה שעמדה במבחן המציאות.
בתחילת ספטמבר 2007 נכנסה ישראל למה שמכונה "חלון ההזדמנויות הקריטי" - הזמן המועט שנותר עד שהכור יהיה פעיל. הקבינט קיים מספר ישיבות, אישר את הפעולה והסמיך את שלושת בחיריו לקבוע את מועדה - אולמרט, ברק ושרת החוץ דאז,
ציפי לבני. ב-5.9.07 החליטו השלושה לפעול מיד, לאחר שעיתונאי פנה לשגרירות ישראל בוושינגטון ושאל על הכור הסורי.
ערב קודם לכן צפה אשכנזי בתרגיל המסכם של חיל-האוויר, שנערך כאשר לטייסים לא נמסר דבר על יעד הפעולה. רק לאחר שאולמרט, ברק ולבני קבעו את מועד ההתקפה, נמסרו פרטיה לטייסים. אשכנזי כינס את המטכ"ל ועדכן את כל חבריו - שחלקם לא ידעו עד אותו רגע על התוכנית - במה שעתיד להתרחש.
בהפצצה השתתפו ארבעה מטוסי אף-15-איי וארבעה מטוסי אף-16-איי, בלוו במערך אווירי תומך. הם טסו בגובה נמוך שאינו מאפשר גילוי במכ"ם ובדממת אלחוט מלאה. בשעה 00:45 בבוקרו של 6.9.07 קיבלו הטייסים את מילת הקוד "אריזונה", הטילו 18 טון פצצות על הכור והשמידו אותו לחלוטין. אולמרט עדכן את בוש, ובמקביל עקב אשכנזי אחרי ההכנות למלחמה אפשרית. במשך שעות שרר בישראל מתח רב, עד שבשעות הצהריים הודיעו הסורים שהבריחו מטוסים ישראלים שחדרו לתחומם - הודעה שהבהירה שסוריה לא תודה שהכור הושמד וממילא לא תגיב.