בניסיון "לעשות סדר" בסבך הגופים הנתמכים, הפיץ לאחרונה החשב הכללי באוצר, ד"ר ירון זליכה, למשרדי הממשלה הוראות המגבילות, החל משנת 2004, את שיעור הוצאות ההנהלה וכלליות למוסדות ציבור המבקשים לקבל תמיכה מתקציב המדינה.
ההוראות הופצו על רקע בדיקה שנערכה על-ידי החשכ"ל ובה נמצא כי ישנו מספר רב של גופים אשר אחוז גדול מהכנסותיהם - במקרים רבים מעל ל-50% - מופנה לתשלומי תקורה כגון שכר מנהלים, גיוס תרומות, שכר דירה להנהלת העמותה וכדומה. משמעות הדבר היא כי מרבית הכנסות הגוף, אם מתקציב המדינה ואם מתרומות הציבור, אינו מופנה למטרה הציבורית שלשמה הוקם ועבורה קיבל את התמיכה.
עוד נמצא כי ישנם גופים רבים אשר מקבלים תמיכה בגין דיווחים כוזבים וכי משרדי הממשלה אינם מטילים כל סנקציה על גופים כאלה. לדוגמא, תוצאות ביקורת שנערכה במשרד הדתות הצביעו על כך שבשנת 2000 היו ליקויים רבים בטיפול בממצאי הביקורת. משרד הדתות לא פעל להחזרת כספים עודפים שהועברו למוסדות ולא הפעיל שום סנקציה כנגד המוסדות אשר דיווחו דיווחים כוזבים ועל כן, אומר החשכ"ל, הפך את הדיווח הכוזב לאמצעי להכנסת כסף במרמה אשר אין בצידו שום סנקציה. לדברי החשכ"ל, גם בביקורות שנערכו בסוף שנת 2003 נמצאו מקרים רבים של דיווחים מנופחים.
התפנית במדיניות החשב הכללי נועדה להביא לניצול מירבי של המשאבים הקיימים, הן על-ידי חיסכון בהוצאות מיותרות והן על-ידי סנקציות על גופים שאינם עומדים בתנאי התמיכה ומדווחים דיווחים כוזבים. על רקע מדיניות זו הוחלט להפיץ את הוראות חדשות למשרדי הממשלה.
ההוראות כוללת הגבלת תיקרה לשיעור הוצאות הנהלה והוצאות כלליות ביחס למחזור ההכנסות. מוסד שמחזורו השנתי, במונחי הכנסות הוא 0-10 מיליון ש"ח יהיה רשאי להוציא עד 22% מסך המחזור כהוצאות הנהלה וכלליות; מוסד שמחזורו הוא 10-25 מיליון ש"ח יוכל להוציא לא יותר מ-18% מהמחזור על הוצאות הנהלה וכלליות; מוסד שמחזורו 25-50 מיליון ש"ח יוגבל לתקרה של 13% מהמחזור; תקרת ההוצאות בסעיף הנהלה וכללית עבור מוסד שמחזורו 50-100 מיליון ש"ח ומוסד שמחזורו עולה על 100 מיליון ש"ח תהיה 11% ו-7%, בהתאמה.
"הגבלה של הוצאות אלו תבטיח שמירב המקורות יופנו לפעילות של העמותה ולמטרה שלשמה היא פועלת", אומרים באגף החשכ"ל. הכללים האמורים יחולו משנת הכספים 2004, וכל גוף שיבקש לקבל תמיכה מהמדינה יידרש לעמוד בהם.
בנוסף קובעות הוראות החשכ"ל סנקציות לטיפול במוסדות אשר הפרו את הכללים לקבלת תמיכה. המטרה היא להגדיר סנקציות אחידות ומחייבות בגין הפרת התנאים לקבלת תמיכה והטלת סנקציה על מוסדות שלא עמדו בתנאי התמיכה. הכללים קובעים, בין השאר, באלו מקרים יש להפעיל סנקציה כנגד המוסד ובאלו מקרים יש להפסיק את התמיכה וכן את גובה הקנס שיש להטיל על המוסד בגין הפרת התנאים.