הוריהם של 32 תלמידים בישיבה התיכונית נחלים - אחד הישיבות הוותיקות והמובילות בציבור הציוני-דתי - טוענים שמרכז ישיבות בני עקיבא מנסה להשתלט עליה שלא כדין ולרוקן אותה מנכסיה, שכן המרכז עצמו מפעיל ישיבות המתחרות בנחלים. ההורים מבקשים (5.2.23) מבית המשפט המחוזי מרכז לצרפם כחברים בעמותת הישיבה, לבטל את ההסכם בינה לבין המרכז ולהרחיק מהנהלתה ארבעה חברי ועד ובהם מנכ"ל המרכז,
אלחנן גלט, ומזכ"ל בני עקיבא לשעבר,
יאיר שחל.
הישיבה שוכנת במושב נחלים שליד פתח תקוה. היא הוקמה בשנת 1955, עד 2004 עמד בראשה הרב יוסף בא-גד (שגם היה חבר כנסת בשנים 1996-1992) והוא הוחלף בשל קשיים כלכליים וטענות לאי-סדרים בניהולה. מרכז ישיבות בני עקיבא סייע לעמותתה הישיבה, אך במקביל החל לפעול כדי להשתלט עליה - נטען בתביעה. בשנת 2008 אף נחתם "הסכם תפעול", אשר העניק למרכז שליטה מלאה בנכסי העמותה ואת הזכות לקבל את כל הכנסותיה. בהסכם נאמר שהוא מסתיים בשנת 2006 - דהיינו שנתיים קודם לכן; בניגוד לתנאיו הוא לא אושר בידי בית המשפט, אך בשנת 2010 האריכו אותו הצדדים ללא הגבלת זמן. ההסכם מעניק למרכז דמי ניהול של 6% מהכנסות העמותה - 1.3 מיליון שקל ב-2021 ו-600,000 שקל ב-2020.
ההורים אומרים, כי כיום לומדים בה 550 תלמידים ומחזורה הכספי של העמותה בשנת 2021 היה 20.5 מיליון שקל - 15 מיליון שקל ממשרד החינוך והמינהל לחינוך התיישבותי ו-4.5 מיליון שקל משכר לימוד. הנתבעים הנוספים הם משה בר-חיים, שהיה עד החודש שעבר סמנכ"ל העמותה והוא חבר בוועד שלה ומורשה חתימה גם במרכז ישיבות בני עקיבא; ניסן בניטה, חבר ועד העמותה; ומרכז ישיבות בני עקיבא, שהוא ארגון הגג של העמותות המפעילות את הישיבות המשתייכות אליו.
לטענת ההורים, עמותת המרכז "פועלת באופן שיטתי להעברת פעילותן של עמותות להן היא משמשת כעמותת גג, תוך שמרוקנת היא את העמותות מפעילותן ונכסיהן". כאמור, המרכז מפעיל במישרין ישיבות משלו, המתחרות בישיבות שתחת חסותו. בנוגע לישיבת נחלים, הוא פועל לריקון עמותת הישיבה מנכסיה והעברת פעילותה לידיו, "וזאת שלא בהתאם להוראות הדין ובניגוד מוחלט להנחיות מפורשות שניתנו לו על-ידי רשם העמותות ואף בניגוד לתקנון העמותה [המרכז]".
עוד נטען, כי המרכז - באמצעות נציגיו הפועלים תוך הפרת החוק - שולט במוסדות עמותת נחלים וחשבונות הבנק שלה, "אשר הפכו שבויים בידי בעלי תפקידים בעמותת מרכז ישיבות בני עקיבא ועושי דברם, אשר עושים בעמותה כבשלהם". לעמותה יש שני נכסים עיקריים: סמל הישיבה והזכות לשימוש בקרקע עליה פועלת הישיבה. לדברי ההורים, המרכז מבקש להעביר לידיו הן את הסמל והן את הקרקע, כפי שניתן ללמוד מטיוטת הסכם בין הצדדים.
בנוסף לכך, המרכז ומנהליו מעבירים לידיו מיליוני שקלים מתקציב המדינה ומתשלומי ההורים, וזאת מכוח הסכם תפעול עליו חתמו נציגיו הן בשמו והן בשם עמותת הישיבה. לטענת ההורים, ארבעת המנהלים הנתבעים מעבירים את הכספים תוך
ניגוד עניינים חמור והפרת חובת הנאמנות שלהם כלפי העמותה. ההעברות מבוצעות ללא קריטריונים, ללא הסכמים וללא החלטות מסודרות של ועד העמותה.
ההורים התובעים אומרים שביקשו להצטרף לוועד העמותה כדי לבלום פעולות אלו, אך הנתבעים דחו אותם על הסף כדי לשמר את כוחם. ההורים טוענים, כי בעוד הנתבעים קבעו בספטמבר שעבר שאין לקבל חברים חדשים לעמותה - הם צירפו אליה שני חברים חדשים אשר מונו מיד לוועד שלה, ככל הנראה בשירותו של המרכז. התביעה הוגשה באמצעות עו"ד שולי וייס וטרם הוגש כתב הגנה.