הממשלה תדון בקביעת תוואי גדר הביטחון, לאחר קבלת המלצות מצד מערכת הביטחון, ולאחר בחינת הנושא מול קביעת בג"צ. כך החליט ראש הממשלה, אריאל שרון, בדיון שקיים (יום ד', 8.9.04).
ראש הממשלה הנחה את מערכת הביטחון שלא לבצע בשטח שינוי תוואי המחייבים החלטת ממשלה. במהלך הדיון צויין כי אריאל, גוש-עציון ומעלה-אדומים יישארו בתוך הגדר, למעט תיקונים מקומיים הקשורים לקרקע פלשתינית.
ראש הממשלה קיבל במקביל את המלצת מערכת הביטחון להזיז חלק מתוואי הגדר באזור דרום הר חברון דרומה, כך שהגדר תתקרב לקו הירוק. משמעות הדבר: דרום הר חברון מחוץ לגדר. ביישובים שיישארו מחוץ לגדר יוקמו גדרות שיגנו על היישובים. לעומת זאת, החליט ראש הממשלה כי גוש עציון, מעלה אדומים ואריאל יהיו בתוך גדר הביטחון.
מערכת הביטחון הציגה את התוואי המתוקן של גדר ההפרדה לראש הממשלה ושר הביטחון, שאול מופז. בדיון נכחו עוד היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, הרמטכ"ל, רב-אלוף משה יעלון, ראש השב"כ ובכירי מערכת הביטחון והמערכת המשפטית.
תוואי הגדר שונה עקב החלטת בג"צ מיום ה-30 ביוני, שפסל קטע מהפרויקט בגלל פגיעה בתושבים הפלשתינים. בעקבות ההחלטה הופסקו עבודות הבנייה, והתוואי מאלקנה ועד מדבר יהודה תוכנן מחדש.
שינוי נגד הכוונה להשאיר
את כביש 443 מחוץ לתוואי הגדר
לוועדת החוץ והביטחון של הכנסת נמסר, כי קטע כביש 443 שבין מחסום מכבים לבין גבעת זאב יישאר כולו מחוץ לתוואי גדר ההפרדה. מאז ראשית תכנונה של העיר מודיעין מהווה כביש 443 נדבך חשוב בתוכנית להפיכתה למרכז אורבני גדול.
לטענת חברים בסיעת שינוי, החלטת מערכת הביטחון להשאיר כמחצית מהכביש מחוץ לגדר ההפרדה יקטע את הדרך הקיימת כיום בכביש 443 ממישור החוף לירושלים. החלופה שמציעה מערכת הביטחון לגדר הינה מיגון הכביש עם לוחות בטון.
ח"כ חמי דורון (שינוי), סגן יו"ר הכנסת וחבר ועדת חוץ וביטחון, אומר בתגובה כי תוואי הגדר יגזור את דינה של העיר מודיעין להיות עיר ספר מה שיפגע אנושות ברווחתם וביטחונם של תושבי העיר והסביבה, בביטחון הנוסעים לירושלים וממנה.
"מדובר במאבק על עתיד העיר ועל עתיד האזור. משמעות השארת הכביש מחוץ לגדר הינה כזו שאף ישראלי שפוי לא יסע עליו", אומר ח"כ דורון. עוד הוא מדגיש, כי לא ייתכן שמערכת הביטחון תפקיר את נוסעי הכביש לחסדי הפלשתינים ותציע חלופות שאינן מבטיחות ביטחון הולם.
עו"ד גיא קדם, יו"ר סניף שינוי מודיעין אומר: "יד ימין לא יודעת מה עושה יד שמאל. מצד אחד, ממשלת ישראל מקימה את העיר מודיעין על אם הדרך בין תל אביב לירושלים, סוללת כביש מהיר המקביל לכביש 1 ומתכננת את פיתוח העיר והאזור; ומצד שני, מערכת הביטחון מחליטה להוציא את קטע הכביש לכיוון ירושלים מחוץ לגדר ההפרדה. זוהי חלמאות בשיאה".