מחקר חדש שנערך באוניברסיטת תל אביב מוכיח, כי רשות בשטחים מקבלת פי שתיים מענקים מהממשלה, לעומת רשויות יהודיות אחרות, כגון: עיירות הפיתוח. זאת למרות הקיצוצים הנרחבים בהיקף המענקים בשנת 2003. המחקר נערך על-ידי ד"ר דן בן-דוד מהחוג למדיניות ציבורית באוניברסיטת תל אביב, ויובל ארז מביה"ס לכלכלה.
בשנת 2002, קיבלה רשות על כל תושב ממוצע בכל 264 הרשויות בישראל 529 ש"ח במונחים של מחירי 2003. בראש הרשימה נמצאות, בכל אחת מהשנים, שלוש רשויות ביהודה ושומרון: המועצה האזורית מגילות, המועצה האזורית הר חברון, והמועצה המקומית עמנואל. מגילות זכתה למענק שהינו יותר מפי 15, פר תושב, מהממוצע הארצי המשוקלל.
בשנת 2003, ירדו מענקי האיזון שקיבלו הרשויות לממוצע ארצי של 417 ש"ח פר תושב. בשנה זו, גם לאחר הקיצוץ הרוחבי במענקים, המשיך מענק האיזון למגילות להיות פי 15, פר תושב, מהממוצע הארצי.
מהמחקר עולה עוד, כי קיימת אפלייה לא מבוטלת לפי דת ומיקום, וגם זה לא השתנה לאחר הקיצוץ. למשל, מהשוואה של רשויות מקומיות בגודל דומה וברמה סוציו-אקונומית זהה בשנת 2002, מתברר שרשויות מקומיות בדרום הארץ קיבלו 35% יותר פר תושב מרשויות ערביות. פער זה גדל ל-46% בשנת 2003.
הרשויות הדרוזיות קיבלו 42% יותר פר תושב מרשויות ערביות ב-2002, ו-59% יותר ב-2003. רשויות בשטחים קיבלו פי שלוש פר תושב מהרשויות הערביות, ופי שתיים פר תושב מרשויות יהודיות בין חיפה לאשדוד. כרבע ממיליארדי השקלים שחולקו כמענקי האיזון ניתנו כאפליה תקציבית ב-2002 ושוב ב-2003.
