"כ-35% מחברי הקיבוצים בהם נעשים כיום הליכים של שיוך דירות יאלצו לקחת הלוואת משכנתא על-מנת לרכוש זכויות מלאות על הדירה או על-מנת לשפץ את הבית ולהרחיבו, אך הבנקים למשכנתאות יתקשו להעמיד לרשותם הלוואות בשל בעיות ברישום הנכסים", כך טוען צבילי בן משה, מרכז הפעילות הקיבוצית בחברת AMG מודלים כלכליים, שהקימה מחלקה מיוחדת לייעוץ ועזרה בנטילת משכנתא לחברי הקיבוצים.
לדבריו, עיקר חברי הקיבוץ שיזדקקו להלוואת המשכנתא הם חברי הקיבוץ הצעירים שלא צברו מספיק ותק בקיבוץ על-מנת לקבל יחידת דיור מלאה על שמם: "בעוד שטבלאות האיזון הפנימיות של הקיבוץ (טבלאות המעניקות ניקוד לפי ותק של חבר הקיבוץ) מעניקות נקודות רבות לחברי הקיבוץ הוותיקים, נקודות השוות כסף רב ופוטרות אותם מנטילת משכנתא לצורך מימון הבית, חברי הקיבוץ הצעירים סובלים ממחסור בנקודות בטבלאות האיזון - מחסור אשר מאלץ אותם ליטול משכנתא בכדי לממן את רכישת הדירה".
על כן, מוצאים את עצמם יותר ויותר קיבוצניקים מתדפקים על שערי חברות חוץ בנקאיות המציעות קבלת יעוץ ונטילת משכנתא. לדברי בן משה, בין הפונים לחברת AMG מודלים כלכליים נמצאים לעיתים גם חברי קיבוץ וותיקים: "רוב הפונים אלינו הם חברים צעירים, בעלי מעט נקודות בטבלאות האיזון הפנימיות של הקיבוץ. ברם, בין הפונים ניתן למצוא גם חברי קיבוץ וותיקים, שקיבלו אמנם את ביתם מבלי לשלם עליו, אולם זקוקים לכסף בשביל לשפץ אותו ולהרחיב אותו".
דודי מייזליק, מנהל השיווק של בנק אדנים למשכנתאות, מסביר כי כל בנק אשר רוצה להעמיד הלוואת משכנתא, בוחן שני פרמטרים עיקריים: את יכולת העמידה בהחזר ההלוואה ואת בטוחת הנדל"ן שמעמיד הלווה: "ברכישה המתבצעת בקיבוץ, אנו נתקלים לא פעם בבעיה הקשורה לאחד מנושאים אלו. נושא ההכנסה מהווה לעיתים בעיה, בעיקר בגלל אורח החיים השיתופי בקיבוץ המקשה על אבחון ההכנסה של כל חבר קיבוץ בנפרד. בנוסף, מתגלה לעיתים גם קושי בזיהוי הנכס, ברישום הזכויות שלו, בקביעת הערך המדויק שלו ובאופן בו הבנק יכול לשעבד אותו. בעיות אלו יוצרות את הקושי במימון עסקאות מסוג זה. אם זאת, יש לציין כי במסגרת ההליכים לשיוך הדירות ולהפרטת הקיבוצים, מגבשים הבנקים פתרונות יצירתיים ונקודתיים, בהתאם לבעיות הספציפיות של כל קיבוץ וקיבוץ בנפרד".
בעיה נוספת בה עלולים להיתקל הקיבוצניקים הוא דרישה של רשויות המס לתשלום מס רכישה או מס שבח שעלולים להגיע לעשרות אלפי שקלים. לאחרונה הכריזה רשות המיסים כי הוא רואה בשיוך דירות בקיבוצים אירוע מס עם זאת, השופט בדימוס, פרופסור דן ביין, המתמחה במתן חוות דעת בתחום המיסוי, מאמין כי ימצאו פטורים והקלות שיאפשרו לחברי הקיבוצים שלא לשלם את מלוא המס בעת קבלת הדירה: "העמימות בחקיקה ובפסיקה, דווקא מאפשרת פתרונות יצירתיים באמצעות פרשנות תכליתית של הפטורים והקונסטרוקציות המשפטיות הקיימים. פרשנות זו חותרת אחר תכלית הליכי שיוך הדירות וההרחבה ומשמעותם הכלכלית, לאור היבטיו החברתיים - כלכליים של "הקיבוץ המתחדש".