בתום חקירת הרב הראשי לישראל, שלמה עמאר, החוקרים יעסקו בימים הקרובים בבדיקת העדויות וביחוד בסתירה שהתגלתה בין דברי הרב לבין דברי בנו מאיר. סתירה זו, אומרים במשטרה, צריכה להבדק. הבן מאיר טען בחקירתו שבאותו יום נכנס לחדרו של האב ואמר לו: "אבא הבאתי לך את איילה ומעכשיו כדאי שתשמור עליה יותר טוב". הבן הוסיף שמיד לאחר מכן הזיל אביו דמעה, אמר ישמור ה' ויצא מהבית. לעומת זאת טען היום הרב עמאר בחקירתו שאשתו היא זו שהעירה אותו באותו יום וכי עזב את הבית מבלי לדעת מי שהה בו.
גורם משטרתי הסביר ל-NFC כי מדובר בעדות מול עדות וקשה יהיה לאמת איזו גרסה נכונה. זאת למרות שגרסת הבן מאיר נתמכת גם בעדות של המתלונן שמסר בחקירתו שהוא ראה את הרב והרב ראה אותו והמתלונן אף פנה אליו ואמר לו "איזה מין רב אתה?" בהתייחסו לעובדה שהוא מוחזק בביתו ומוכה.
הגורם המשטרתי הוסיף כי המשטרה תצטרך לשקול באילו דרכים להמשיך את החקירה בכל הנוגע לשאלה האם הרב עמאר ידע על מה שהתרחש ולא מנע את העבירה בביתו, או שהמשטרה תסתפק בהגשת כתבי אישום נגד כל המעורבים להוציא את הרב הראשי.

הרב עמאר נחקר במשך ארבע שעות בלשכתו ולדברי המשטרה השיב כי לא ידע דבר על הפרשה ולמד עליה רק בשהותו בתאילנד. לדבריו הוא ידע, בטרם יצא את הארץ, שנגד בנו מאיר הוגשה תלונה במשטרה. הרב הביע בצהריים (יום ג') צער על הפרשה בה מעורבת משפחתו. הרב דיבר עם עיתונאים זמן קצר אחרי ששב מביקור בתאילנד.

בשעות הערב, זמן קצר לאחר שהסתיימה החקירה, נמסר מעו"ד של הרב, כי הרב שיתף פעולה עם חוקריו והשיב בפירוט רב על כל השאלות שהוצגו לו. נמסר, כי "לרב היה חשוב להסיר את העננה ולהבהיר את הדברים מהר ככל האפשר". החקירה התנהלה באוירה רגועה ועניינית. הרב ציין את היחס המכובד לו זכה לאורך כל החקירה.

מוקדם יותר היום, בדברים קצרים שמסר בטרם נכנס ללשכתו, שם נדרש להשיב לשאלות חוקרי משטרת מרחב דן, אמר הרב, בין היתר: "משפחתי ואני נקלענו לסערה לא קלה. מאז שנודע לי על מעשיו של בני מאיר אני מלא צער, וכואב כאב עמוק. ברוך השם, יש לי 12 ילדים, מאיר לא הלך בתלם של המשפחה. הוא כבר לא מתגורר איתנו כבר מגיל צעיר. אני עדיין מתפלל שבעזרת השם הוא ימצא את הדרך הנכונה. אני מלא צער אמיתי על הנער שנפגע. הודעתי שאני מוכן להשיב לכל השאלות שאשאל וכך אני עושה. אני מודה לכל מי שמתקשר לעודד ולחזק. השם ישלם שכרם. ומתתפלל לאלוהים שיתן לנו כוח ותבונה לעבור את הימים האלה".

בתום מסירת ההצהרה הקצרה נכנס הרב ללשכתו, שם המתין לחוקריו שהגיעו לחקור אותו. בתחילת החקירה הודיעו לו החוקרים שהוא נחקר באזהרה. הרב נחקר במשך כשעתיים, ואז הודיע כי עליו לצאת לפגישה. החוקרים איפשרו לו לצאת לשעה לטקס יום הזכרון וביקשו ממנו לחזור לחקירה שתתחדש לאחר מכן. הרב נחקר עד השעה 19:00 והמשטרה הודיעה כי שיתף פעולה עם חוקריו. לא ברור אם החוקרים יבקשו לזמנו בשנית לחקירה.

היום עיכבה המשטרה שני חשודים נוספים, תושבי קלנסאווה. הם נחקרו בפרשת חטיפת המחזר של בתו של הרב. השניים שוחררו בתנאים מגבילים לאחר חקירתם.

משטרת ישראל החליטה (ג', 9.5.05) לחקור את הרב בלשכתו, ולא לזמנו לחקירה במרחב דן ברמת גן. מפקד מחוז תל אביב במשטרה, ניצב דוד צור, אמר כי "הרב שלמה עמאר משתף פעולה עם המשטרה וחקירתו תסתיים במהרה". לדברי ניצב צור, "מדובר בחקירה פשוטה אך רגישה. הרב ימסור את גירסתו לאירועים, והדבר תואם עם עורכי דינו".

לפני כן המתינו החוקרים שהרב יסיים דיון בבית הדין הרבני בו הוא ישב בראש הרכב דיינים. בית משפט השלום בתל אביב האריך בשבעה ימים את מעצרו של בנו, מאיר, ושל שני חשודים נוספים תושבי קלנסואה - האחים אחמד ועבדאללה סוואלמה. השלושה נעצרו בחשד כי ביצעו את החטיפה והתעללו פיזית במתלונן.

לדיון בבית המשפט הגיע בנו של הרב, אליהו עמאר, שאמר: "באנו לתמוך באחינו, שהלך בדרך הפוכה מאיתנו. אנחנו כאחים נחזיק לו אצבעות ונקווה לשקם אותו – מה שלא הצלחנו לעשות עד עתה". המשטרה הודיעה כי כתבי אישום נגד אשת הרב, מזל, בתו איילה ובנו מאיר וכן שני הצעירים מקלנסואה, יוגשו בתחילת השבוע הבא.

ההחלטה לחקור את הרב התקבלה אמש (יום ב', 9.5.05) על-ידי היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, בתום ישיבה מיוחדת שקיים עם נציגי הפרקליטות והמשטרה. מזוז הגיע להחלטה על חקירת הרב לאחר שקיבל מהמשטרה את ממצאי החקירה בפרשת חטיפת הצעיר שקיים קשר עם בתו של הרב, איילה.

החקירה הגלויה החלה בשבוע שעבר אולם במשרד המשפטים ביקשו להכריע בנושא חקירת הרב ברגע האחרון, ממש לפני שובו מחר של הרב מביקור מתאילנד וזאת כדי שכל החומר הרלבנטי יהיה מונח בפני היועץ.

החוקרים הציגו את החומר שנאסף ובו תשתית ראייתית להגשת כתבי אישום נגד אשת הרב, בתו, בנו, ושני חבריו של הבן. המשטרה מבקשת לבדוק האם הרב ידע על החטיפה ועל ההתעללות במתלונן. זה האחרון טען בעדותו כי הרב ידע ועודכן ואף פגש בו פנים אל פנים בביתו כשנלקח לבית הרב ושם הוכה והושפל.

הנער הוסיף כי "בזמן האירוע האח ענה לטלפון ושאל 'אבא, מה קורה". הוא הוסיף: 'אל תדאג, הוא לא ייצא שלם'. בשש בבוקר הרב צילצל ואמר 'תגיעו הביתה'. הכניסו אותי לאוטו. אפילו להשתין לא נתנו לי. הרב היה בבית. אמרתי לו 'אתה רב, אתה?'", סיפר הנער. עורכי הדין של משפחת עמאר טוענים שחדרם של בני הזוג מרוחק מסלון הבית, שם הותקף הצעיר.

יש לציין, כי שלשום נחקרו בשנית אשת הרב, מזל, שלטענת רבים היא דמות המפתח בפרשה, ובתו איילת. השתיים אף עומתו עם הצעיר שהטיח בהן כי היוו חלק מהחטיפה והיו שותפות פעילות. הנשים הכחישו.