צוות משפטי שיוקם, בראשו יעמוד פרקליט בכיר מפרקליטות המדינה, הוא שילווה את חקירת מרואן ברגותי ויקבל החלטות האם להעמידו לדין, ובאיזה בית משפט - אזרחי או צבאי.
ההחלטה על הקמת הצוות התקבלה על-ידי היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, בהתייעצות עם פרקליטת המדינה, עדנה ארבל. הצוות יקבל החלטת גם בנוגע לעצורים כבדים אחרים, החשודים בפעולות טרור נגד ישראל.
בצוות יהיו חברים בכירים מצה"ל, מערכת הביטחון ומשטרת ישראל. אחד השיקולים המהותיים שיידרשו בשלבי ההכרעה השונים, הוא האם ניתן יהא - בהליך המשפטי, לחשוף חומר מודיעיני וחומר מוכמן אחר, הנוגע לברגותי, שהתקבל מגורמים שחשיפת זהותם עלולה להביא להריגתם.
ההחלטתה על ניהול מהלכי החקירה והתביעה בדרך זו, התקבלה נוכח מעמדו הפוליטי של ברגותי ברשות הפלשתינית. בישראל קיים חשש, שמא הליכי משפטו של ברגותי - בדיון פומבי, יהפכו את החשוד לגיבור ברחוב הערבי, דבר העלול ללבות פעולות טרור נוספות. מאידך, העמדתו לדין בבית דין צבאי, תוך הטלת איפול על חלק מהלכי המשפט, עלולה לחשוף את ישראל ללחצים מצד פעילי זכויות אדם לקיום דיון פומבי וגלוי.
