סביר להניח, שאפילו תלמיד ישיבת אלון-מורה ששאל לא ציפה לתשובה שכזו, הפוסלת את הרב יובל שרלו, ראש ישיבת פתח-תקווה מלפסוק הלכות. בשאלה שנשלחה לפני חודשים אחדים לרב שמואל אליהו, רב העיר צפת, ודבר קיומה נודע כעת, שאל תלמיד הישיבה על אודות החתמת רבנים על פסק-הלכה בעניין סירוב-פקודה, המנוגד לעמדת הרב אברהם שפירא. לדברי השואל, חלק מהרבנים החתומים חתמו על הפסק למרות שאינם פוסקי הלכה, אולם בין החותמים נמצאים גם פוסקי הלכה.
לדבריו, אותם רבנים, בניגוד לרב שלמה אבינר הסבור כי על חייל לציית לפקודת פינוי, סבורים כי קיימת מצווה לציית לפקודה, והוא שואל את הרב אליהו: "כיצד מסוגלים... רבנים להגיע לטיעון כזה, כשלפחות לפי מחקר שעשיתי בהנחיית מספר ספרים, פסקי הלכה של הרב שאול ישראלי זצ"ל, הרב גורן זצ"ל, וכן ספר שכתב הרב אליהו זיני שליט"א ועוד מקורות ראשונים רבים... דבר התורה בנושא ברור ומאוד פשוט להוכחה, שאין אפשרות לעקור ישוב מישראל".
השואל אף התייחס לרב יובל שרלו, ראש ישיבת פתח-תקווה: "כמו כן, כזכור לי קראתי פעם מאמר של הרב יובל שרלו, בו כתב כי בחרנו בדרך הציונות ולכן עלינו להקריב הקרבות רבות לעיתים. אני כואב ולא מבין כיצד יכולה להיות ציונות שאינה ציונות תורנית? האם בחרנו בדרך הציונות החילונית מתי שהוא? מורי ורבי ראש-הישיבה באלון מורה לימדני בישיבה שציונות זאת התורה, גם מהרב ומאביו הרה"ג הראשון-לציון (הכוונה לרב מרדכי אליהו. ע"י) אני מבין שציונות זאת תורה".
בתשובתו, המתפרסמת בשו"ת מוריה, כתב הרב שמואל אליהו: "ראיתי את החתימות של הרבנים שקוראים לא לסרב פקודה ובאמת רובן המכריע הם אנשים שלא מוכרים כלל לי ובוודאי לא לציבור, השאר שהם מוכרים לציבור - הם לא ידועים כרבנים. אם אני זוכר, ראיתי שם שתי דמויות רציניות - הרב ליכטנשטיין והרב עמיטל. כיוון שדעותיו... של הרב עמיטל ידועות לציבור, הייתי מבקש לשמוע מה דעת הרב עמיטל על פקודה לפנות ישוב של ערבים? לדעת מפלגות השמאל זו פקודה בלתי חוקית בעליל!!". האם במקרה כזה תשתנה דעת ההלכה?
"שאר הרבנים שהזכרת במכתבך - עם כל הכבוד - אינם בערך כל שהוא לחלוק על הרב שפירא. הם זכורים לכולנו בעת שהלכו שבי אחרי האשליה של אוסלו וקראו לנו לפנות ישובים, כי העולם מתקדם לקראת אוסלו. הרבנים הגדולים באמת קראו טוב יותר את המפה הרוחנית של העולם. בכאב גדול התברר, כי אלו שביססו את השקפת עולמם על עיתונים וסקרי דעת-קהל, נכשלו בגדול. אני זוכר איזה רב שאמר כי לדעתו שמעון פרס ייבחר לראשות הממשלה כי "כך בחרו מן השמיים". ולצערי, הדעות שהם משמיעים מבוססות על המחשבות שעוברות להם בראש אחרי שהם קראו עיתון 'הארץ' וראו 'מבט לחדשות'.
"הזכרת גם את הרב שרלו. אני מקווה שהוא לא מבסס את דעתו על "משב-הרוח הפופוליסטי", אבל אני לא חושב שיש לו "כתפיים" להכריע בענייני ציבור כל כך עמוסים. העובדה שהוא מביע את דעתו מלמדת שהוא חושב שיש לו כתפיים מספיק רחבות לחלוק על גדולי הרבנים שמותניו יותר צרים מאצבעם הקטנה, וזה קצת יותר מ'חוצפה'. שמעתי אותו פעם מתבטא ב'קול-ישראל' ואומר שעבר זמנם של הרבנים אליהו ושפירא שליט"א, וצריך הנהגה יותר אמיצה ותורנית וכו' - ולא יכולתי להימלט מהמחשבה שהוא מתכוון לעצמו. מעשיו מוכיחים שהוא באמת כזה, וחבל.
"אם כבר הזכרנו אותו, אומר לך שלדעתי אין להתחשב כלל בדעותיו, כיוון שהוא נכשל ומכשיל את הציבור בכמה וכמה עניינים שהוא לא רואה את אחריתם, גם בענייני צניעות וגם בענייני ארץ ישראל. כל מי שמכיר קצת את המקורות הפנימיים (ספרות הסוד הקבלית. ע"י) יודע, כי הכישלון בשני הנושאים הללו קשור בקשר הדוק".
בסיום תשובתו מעיר הרב אליהו, כי הוא אינו כותב את דבריו על-מנת לנגח את הרב שרלו, ונדרש לעניין רק כיוון שנשאל מה לעשות עם "פסק ההלכה" שלו. "לדעתי אין ללכת אחריו", כותב הרב אליהו, ואף ממליץ שלא להתעמק במקורותיו ההלכתיים "כיוון שהמעיין בפסקים שהוא מפרסם מדי פעם יראה שאין לו מקורות שעליהם הוא מתבסס בחידושיו המהפכניים - רק סברות כ"דורש מפי הגבורה (כינוי לאלוהים. ע"י)". אנחנו פוסקים על-פי המסורת שקיבלנו מדורי דורות מאבותינו ומאבות אבותינו, שהם קיבלו תורה מריבונו של עולם ודבריהם הם דברי אלוקים חיים, ו"סברות" של פלוני או אלמוני לא עומדות כלל מולם".
בתשובה שנחתמה בפסוק: "והוא רחום יכפר עוון", מרגיע הרב אליהו את השואל: "אל תדאג. הרבה רבנים מסוג זה קמו לעם ישראל, צברו פופולאריות אצל "קהל שטחי" ולבסוף נידחו. אם הוא ימשיך באותה הדרך - זה יהיה סופו, וחבל".
לגולש אחר בשו"ת מוריה שתהה האם אין בתשובת הרב אליהו איסור הלכתי של לשון-הרע, השיב הרב: "על מה נאמר "אל תהי צדיק הרבה"? משאלתך ניכר שאתה רוצה להטיף מוסר לרבנים ולומר להם שהם צריכים לשתוק ולא להגיב. אינני יודע מי אתה, כיוון שלא כתבת את שמך. אבל זו לא חכמה גדולה להטיף מוסר אנונימי כאילו להיות "יפה-נפש" נקי וזך וטהור. זה לא הולך ככה. אנחנו מחויבים לומר את האמת לציבור!!! חובתנו למחות היא בדיוק על מקרה כזה שאדם אחד מפרסם דברים שהם לא נכונים. מטעים את הציבור. גורמים נזק גדול מאוד. דע לך!! אין לו רשות לפסוק הלכות כאלה בלי שום מקור, בלי שום ביסוס - הוא פוסק על מקור אחד והוא הלב שלו. אנחנו מורשים לשתוק?".
הרב יובל שרלו מסר כי אין לו עניין להגיב על הדברים, אך הוסיף כי כאשר נשאל על כך באתר מורשת השיב כי הוא מסכים למשפט שחתם את תשובת הרב אליהו "והוא רחום יכפר עוון".
