החל משעות הבוקר המוקדמות (יום ו', 9.9.05) עסקו כוחות ההנדסה של צה"ל בפיצוץ מבנים במפקדות ותשתיות צבאיות, שעד כה שימשו את הכוחות. בבוקר הספיקו חיילי ההנדסה לפוצץ מבנים ששימשו את מנהלת התיאום והקישור בארז, את "גשר מור" המוביל מכיסופים לעבר יישובי גוש קטיף וכן מתקנים נוספים. חיילי צה"ל ארזו את ציודם האישי וקיפלו את דגלי הלאום.
בצה"ל מצייינים, כי הכוחות התמקדו במלאכת פיצוץ ופירוק המתקנים שעד כה לא הספיק הצבא לטפל בהם. לא כל התשתיות יהרסו. מבני ציבור רבים ישארו בשטח, וזאת כחלק מההסכמות שהושגו עם הפלשתינים. מבנים אלו יועברו לרשות הפלשתינית עם היציאה.
גורם צבאי אמר ל-Nfc, כי כוחות צה"ל נמצאים עתה בשלב האחרון של הוצאת כל המתקנים והציוד הצבאי, שחלקו הגדול כבר הוצא בחודשים האחרונים או פוצץ באופן מסודר. "במהלך הימים האחרונים הוצאנו את התשתית הצבאית כמו פילבוקסים, עמדות, מחסומים וכו'". הגורם הוסיף, כי צה"ל ישלים את יציאות מהרצועה תוך שעות מרגע מתן פקודת היציאה.
ערב קודם לכן החליטו ראש הממשלה, אריאל שרון, ושר הביטחון, שאול מופז,
לעכב את הריסת בתי הכנסת, וזאת על אף
שפסיקת בג"צ אישרה את החלטת הממשלה להרוס את המבנים. בישיבת הממשלה ביום א' ידונו השרים בנושא ותתקבל החלטה סופית. ההחלטה לעכב את הריסת המבנים באה
לאחר לחץ כבד מאוד של גורמים דתיים.
בעקבות עיכוב הריסת בתי הכנסת התקשר (ו') הרב עובדיה יוסף פעם נוספת אל שר הביטחון, שאול מופז, והפציק בו להימנע מהריסת בתי הכנסת. במהלך השיחה פרץ הרב בבכי ואמר: "הריסת בתי כנסת על-ידי יהודים הינה בבחינת חילול ה' גדול".
במקביל שוחח הגר"ע יוסף עם השר שמעון פרס, כדי שזה יפעיל את השפעתו על אבו מאזן - שייאות לשמור על בתי הכנסת. יו"ר ש"ס, אלי ישי, קיים סבב שיחות בין כל שרי הממשלה במטרה לשכנעם לא לתמוך בהריסה.
כוחות הביטחון יעברו את השבת שכנראה תהיה האחרונה בנוכחות ישראלית ברצועת עזה, במתכונת קרבית, לאחר שכל הציוד הלא חיוני ללחימה הוצא אל מחוץ לרצועה. למעשה, החיילים שוהים בתוך המוצבים הממוגנים או בכלי הרכב המשוריינים וממתינים לפקודת היציאה. בשלב זה, כך אמר גורם צבאי, הם צריכים להגן על עצמם ולמנוע כניסה של פלשתינים לשטח.
לקראת הצהריים נפתח סמוך ליישוב כרם שלום חדר מצב, המשותף לישראל, מצרים והפלשתינים, במטרה לתאם את הפעולות השונות מול הצדדים לקראת פריסת הכוחות המצרים בשטח בסוף השבוע ויציאת צה"ל מהרצועה בתחילת השבוע.
