מאפייני ארבעת חודשי המלחמה הראשונים היו: יוזמה התקפית של הערבים, ואסטרטגיה פאביאנית והישגים דלים של היהודים, שלא התכוננו כראוי למלחמה. הקושיה האסטרטגית הראשונה הייתה – האם לשים את הדגש על בניית הצבא, ולפי שעה להסתפק בבלימת המתקפה ובפעולות גמול מוגבלות, או לשלוח את יחידות הקו-הראשון, המעטות – היינו הפלמ"ח – למערכה התקפית, כפופה לשיקולים מדיניים. נבחרה האפשרות הראשונה. מנהיגי היישוב העריכו שהמבחן המכריע יהיה לא במתקפה של ערביי ארץ ישראל ושל עוזריהם, המתנדבים מן החוץ, אלא פלישת הצבאות הסדירים של מדינות ערב, כאשר יפוג תוקף המנדט. לקראת המערכה הזאת הוקם הצבא.

המשימה הייתה לבנות צבא במהלך מלחמה, בלי סיוע נדיב מן החוץ, והצלחתה של משימה זאת הייתה תלויה בשלושה גורמים: כוחה של ה"הגנה"; כוחו הכלכלי, החברתי והאידיאי, של היישוב העברי; הרמה של מנהיגות היישוב הזה.

כמעט הכל הסכימו שאין תחליף למנהיג דוד בן-גוריון, אבל סמכותו הייתה מוגבלת, גם להלכה וגם למעשה. רבים מיריביו הפוליטיים, מימין ומשמאל, השתדלו להגביל אותה עוד יותר. בתחילת המלחמה עדיין היה על בן-גוריון להוכיח את עצמו. הוא היה זקוק לצוות מוביל של מנהיגים לאומיים-ביטחוניים, נאמנים לו, שיתפקד, לידו ובפיקודו, כקבינט מלחמה פוליטי-אסטרטגי. מוסד כזה לא היה. המערכת הפוליטית של היישוב העברי ושל התנועה הציונית הייתה מורכבת מנציגי המפלגות, שרובם לא טיפלו בענייני ביטחון, והסמכות הפוליטית הייתה נתונה לכאורה בידי הנהלת הסוכנות היהודית, שאחדים מחבריה לא היו תושבי ארץ ישראל, ושלא הייתה מסוגלת להיות קבינט-מלחמה בגלל הרכבה ודפוסי תפקודיה.

הפיקוד העליון – שחבריו היו – ראש המפקדה הארצית (הרמ"א) של ההגנה ישראל גלילי; ראש המטה הכללי שלה (הרמטכ"ל) יעקב דורי, וחברים מרכזיים במפקדה הארצית (חברי המפקדה היו נציגי מפלגות, לא כולם בכירים) – לא היה הגוף המתאים ביותר לניווט מלחמת העצמאות. כשפרצה המלחמה הייתה משימתו הראשונה של בן-גוריון להקים פיקוד עליון יעיל מתוך המנהיגים הבכירים של היישוב שנהנו מאמון המפלגות הגדולות וכלל הציבור. הוא לא היה יכול להנהיג לבדו את היישוב ואת ה"הגנה", בשל האופי הדמוקרטי של היישוב העברי, וגם מפני שעדיין לא היה בקי בבעיות ה"הגנה", ועדיין לא התאקלם בתפקיד המחזיק בתיק הביטחון בהנהלת הסוכנות.¹

קצת יותר מחודש לפני פרוץ המלחמה אמר בן-גוריון בישיבת ועד הביטחון:² "אומרים שיש מפקדה.³ זאת פיקציה. זה מוסד חשוב מאוד, אך זו אינה מפקדה. זה אינו מוסד פיקודי. מוסד פיקודי הוא איש אחד. יכול להיות רק איש אחד. אם מדברים על חברת-מניות, או הסתדרות עובדים, או הסתדרות בעלי-תעשיה, שם יכולה להיות הנהלה. במלחמה יש פיקוד של איש אחד, ומה שקוראים מפקדה זאת פיקציה... צבא נועד למנוע מלחמה או לנצח במלחמה. תפקיד זה לא תוכל המפקדה למלא... למעשה הפיקוד העליון עכשיו בידי יושב-ראש הסוכנות היהודית,⁴ מפני שהוא ממנה את הרמ"א ונותן לו הוראות. ויש מוסד מיותר, הוא איננו מפקד אך הוא קורא לעצמו מפקדה. אילו היה מוסד זה נותן פקודות היה זה אסון. כי אלה קודם-כול עניינים פוליטיים... בצבא הכל בא מלמעלה למטה והכול מוחלט על-ידי יחיד... אצלנו לקחו פרלמנט קטן וקראו לו מפקדה. היה רמ"א. איש לא ידע מה תפקידו. הוא לא היה ממונה על-ידי הצבא. הוא היה שליח של המוסדות. אחריות המוסדות הייתה, עד עכשיו פיקטיבית. להבא זה לא יהיה כך... המפקדה זה מוסד ציווילי. זה קיים מפני שאם אני אציע לבטל אותה, אם אני אעשה זאת או מישהו אחר, זה יוליך לסכסוך גדול ביישוב. אם אתם רוצים שהיא תהיה מפקדה צבאית, אתנגד לזאת... אם מישהו יחפש מקור לשגיאה, הרי זה היה היעדר שלטון ציווילי על הארגון.⁵ השלטון הציווילי על הארגון ודאי היה פיקטיבי. הארגון שלט על עצמו."⁶

הרמ"א ישראל גלילי הציע לוועד הביטחון לצמצם את מספר חברי המפקדה הארצית, "אך לא לשנות את היחס הציבורי אליה." בן-גוריון דחה את ההצעה: "הציבור מעוניין בביטחון. ולא בשמירת קונסטיטוציה זו או אחרת... ככל אשר אני שומע יותר הסברות על המפקדה הארצית. יותר אני מתנגד לזאת."⁷

במחצית השנייה של שנת 1947 ירדה ביותר יוקרת המפקדה הארצית והופקעו ממנה סמכויות בתחומי התעשיה הצבאית, הרכש והכספים.⁸ וכשפרצה המלחמה כבר לא הייתה משמעות לפיקוד- העליון של ה"הגנה". מסגרת אחרת לקבלת החלטות לאומיות-אסטרטגיות לא הוקמה. אומנם בסוף דצמבר 1946 כשנבחר בן-גוריון ליו"ר הנהלת הסוכנות ונטל לעצמו את תיק הביטחון שעד אז לא היה תיק עצמאי אלא חלק מן המחלקה המדינית בראשות משה שרת, אמור היה לפעול מוסד ביטחוני עליון. אך בפועל מחלקת הביטחון בהנהלת הסוכנות לא הייתה מאורגנת. על-פי ההיסטוריונית, שניהלה את ארכיון צה"ל, והייתה לה נגישות לכל המסמכים, ד"ר זהבה אוסטפלד, לארגון ההגנה לא היה "פיקוד עליון בעל יכולת מקצועי וידע צבאי הפועל באמצעות צינור פיקוד אחד לאורך כל המדרג הביטחוני. בעוד זה הקיים היה מורכב ומסובך" ⁹

הפתרון כמאולתר (כרגיל) היה "מטבח אסטרטגי"¹⁰ – כלומר התייעצויות של בן-גוריון עם אישים בכירים שהתמסד. מעין-גוף זה – שלא היו לו סמכויות רשמיות, ושצינורות תקשורת שלו עם המטכ"ל לא היו ברורים, היה הפיקוד העליון למעשה של מלחמת-העצמאות. לא היה לו מטה. ורבות מהחלטותיו היו אינטואיטיביות או תגובות על אירועים. ברוב ההתייעצויות השתתפו הרמ"א, ישראל גלילי; שאול אביגור (שהיה מוסד בפני עצמו); נציג המטכ"ל; שני יועציו הצבאיים של בן-גוריון (שלום עשת ויצחק שדה), ויוחנן רטנר. עם האחרים: ראש הש"י, דוד שאלתיאל או מחליפו איסר בירנצווייג, (בארי); מפקד הפלמ"ח יגאל אלון ועוד. לפעמים התייעץ בן-גוריון עם אחד האישים האלה, ולפעמים התייעץ עם כמה מהם יחד. תוכן ההתייעצויות ומסקנותיהן לא הובאו לידיעה ולאישור, לא להנהלת הסוכנות ולא למוסד אחר. חברי ה"הגנה" ביצעו את ההחלטות הודות לסמכות הרשמית והאישית של ישראל גלילי, יעקב דורי ויגאל ידין.

"איפה מחליטים? בהנהלת הסוכנות? בוועד הלאומי? בוועד-הביטחון?" שאל יוסף ספיר (איש מפלגת הציונים הכלליים ב'), בישיבת ועד הביטחון ב-11 בדצמבר 1947. בישיבה אחרת (אחרי, חמישה שבועות) אמר מנהיג הציונים הכלליים ב'. פרץ ברנשטיין: "מתקבל רושם שדברים נעשים באופן מקרי, לפי השראה רגעית ובלי התאמה, אפילו בתוך מנגנון המטכ"ל."¹¹

ב-19 בדצמבר 1947 אמר בן-גוריון ליוחנן רטנר ולשלום עשת: "יש לבדוק מחדש את כל תוכנית הביטחון. היינו אופטימיים מדי, ולא הערכנו די את התכונה הערבית... נדמה לי שכמה סידורים בארגון אינם הולמים את הסכנה החמורה, ויש צורך במשרד מפקד עליון שאינו עוסק בביצוע (ושעוסק) רק בבחינת המצב ובהוראות תכנון עליונות." בן-גוריון הציע לרטנר ולעשת להקים אגף צבאי של המשרד המוצע, ולעמוד בראשו. רטנר דחה מיד את הצעתו. "אינו מאמין שיש בידו לתקן," כתב בן-גוריון ביומנו. "(הוא טוען כי) יש רוח קורפוראטיבית¹² בארגון ואינו סובל כל כוח חדש." גם עשת לא האמין בפתיחות ההגנה,¹³ אבל בן-גוריון לא ויתר. הוא היה זקוק לאמצעי שליטה ופיקוח על ה"הגנה". הרמטכ"ל, יעקב דורי, הסכים, שטרנר יעמוד בראש משרד הפיקוח.¹⁴ יגאל ידין התנגד להפרדת הפיקוח מן המטכ"ל, והביע חשש שפיקוח נפרד יהיה ל"מרכז של נרגנות"' ושהעומדים בראשו לא יסתפקו בתפקידם. בן-גוריון מינה את עשת לראש משרד הפיקוח.¹⁵ למשרד, זה לא הייתה משמעות רבה, ואחרי זמן לא רב צורף עשת למפקדת מחוז ירושלים. מועמד נוסף של, בן-גוריון לפיקוח על הצבא היה אלוף-מישנה, היהודי-אמריקני, דוד מרכוס.¹⁶

בפרוטוקולים מישיבות ועד הביטחון ניכרת אי-נחת מניהול המלחמה. ב-3 בפברואר הציע חבר מפ"ם, ברל רפטור: "יישבו שלושה האנשים הכי-חכמים בארץ ישראל והם יאמרו מה יהיה."¹⁷ אחרי שבוע הציע בן-גוריון לחברי הוועד לבטל את כל מוסדות הביטחון (המפקדה הארצית, ועד הביטחון, ועדת המצב, וסמכויות הנהלת הסוכנות והוועד הלאומי בענייני ביטחון, ולהקים שני מוסדות: אקסקוטיבה של חמישה אנשים – "לנהל את העניינים. הם יושבים, אם יש צורך, בכל יום, לא בדיונים תיאורטיים גדולים. הם צריכים לפעול ולהפעיל מוסדות ואנשים" – ומוסד פרלמנטרי של הנהלת הסוכנות ונציגים מכל אזורי ארץ ישראל, שיתכנס פעם בשבועיים ליום או ליומיים, וידון "על העניינים העומדים על הפרק, על קווי הפעולה, על מאמצי ההתגייסות. המוסד הפרלמנטרי ייצג את השתתפות היישוב בידיעה ובאחריות." למתנגדים להצעתו זאת השיב בן-גוריון: "מלחמה זה דבר איום. צבא זה לא דבר דמוקרטי."¹⁸

הפיקוד העליון לא התמסד בארבעת חודשי המלחמה הראשונים. לוי אשכול, אריה בהיר ואשר בן-נתן – כולם עסקנים במפא"י – הציעו לבן גוריון (ב-31 כמארס) לבטל את המפקדה הארצית ולהקים גוף מצומצם, שחבריו יהיו בן-גוריון, הרמטכ"ל דורי, ישראל גלילי, שאול אביגור, לוי אשכול, יוסף יזרעאלי ופנחס לבון. בן-גוריון לא הסכים. ביומנו כתב: "זאת הצעה לסידור 'הבית' ולא לסידור הנהלת המלחמה."¹⁹ בן-גוריון כבר ביסס אז את מעמדו כמנהיג היישוב הלוחם. אי-הצלחתו להקים פיקוד עליון רשמי מעידה שמנהיגותו הייתה בכל זאת מוגבלת, עקב הפיצול הפוליטי ביישוב. ההתייעצויות הלא-שיטתיות היו המסגרת שקבעה את המדיניות ושקיבלה את ההחלטות.

1. ראה דן פתיר, "25 שנה לפני", ראיון עם ישראל גלילי "דבר", 6 במאי 1973. גלילי טען: "עד כינונה של מנהלת העם (אפריל 1948) המוסד העליון מבחינת סמכת ההכרעה הייתה הסוכנות. לא נעשה צעד בעל מושמעות מדינית וביטחונית שהנהלת הסוכנות לא אישרה אותו או לא הייתה מודעת לו." פרוטוקולים מדיניים של הנהלת הסוכנות בימי מלחמת העצמאות (אצ"מ תיקים 1/45, 2/45) מלמדים שלא כאלה היו פני הדברים .
2. ועד זה הוקם בספטמבר 1947 וחבריו היו נציגי מפלגות הקואליציה הציונית.
3. הכוונה למפקדה הארצית של ארגון ה"הגנה".
4. דוד בן-גוריון.
5. ארגון ה"הגנה".
6. אצ"מ 25/9342 S, פרוטוקול מישיבת ועד הביטחון 23 באוקטובר 1947,
7. אצ"מ 25/9343 S פרוטוקול מישיבת ועד הביטחון 28 באוקטובר 1947.
8. מאיר פעיל, מן ה"הגנה" לצבא ההגנה, עמ' 90-87 .
9. זהבה אוסטפלד, "צבא נולד" משרד הביטחון 1994, עמ'32.
10. לראיה עד כמה ליקויים מ-1948, לא תוקפנו: גם אחרי עשרים וחמש שנים, לקראת מלחמת יום הכיפורים ובמהלכה, היה הפיקוד העליון הישראלי – "המטבח של גולדה" והתוצאות הרות האסון ידועות לכל.
11. אצ"מ 25/9345 S, פרוטוקול מישיבת ועד הביטחון 18 בינואר 1947.
12. הכוונה: יש קבוצות אינטרסים.
13. יומן דב"ג, 19 בדצמבר 1947.
14. שם, שם.
15. שם, 25 בינואר 1948
16. א"מ, פרוטוקולים מישיבות ועדת גרינבוים; ראה אניטה שפירא, מפיטורי הרמ"א עד פירוק הפלמ"ח, הקיבוץ המאוחד 1985.
17. אצ"מ 25/9346 5, פרוטוקול מדיוני ועד הביטחון 3 בפברואר 1948.
18. שם, 10 בפברואר 1948.
19. יומן דב"ג, 31 במארס 1948.