ההנהלה הציבורית של מועצת הזיתים בישראל ושר החקלאות, קיבלו החלטה אסטרטגית לשילוב המועצה כענף אוטונומי, במועצת הצמחים. בדומה לענפי הירקות, הפירות וההדרים, ינהלו את המועצה גופים נבחרים, המליאה וההנהלה, תוך הקצאת תקציב עצמאי לפעילויות המועצה.
המועצה תמשיך לקיים את פעילויותיה בחוות חנניה בצפון, חווה המשמשת לפיתוחים, מחקר, ניסויים והדרכה. פעילויותיה של המועצה, במסגרתה החדשה, תתמקדנה בהרחבת השטחים הניטעים, פיתוח ואימוץ שיטות גידול מתקדמות, מאבק בזייפני שמן הזית, שדרוג ושיפור איכויות הייצור וקידום המודעות לצריכת שמן זית ישראלי הנושא את תווית האיכות של מועצת הזיתים בישראל.
במועצת הזיתים חברים כל יצרני ומשווקי שמן זית ישראלי, 187 במספר, הנושאים את תו האיכות הרשמי של מועצת הזיתים בישראל.