באיחור של 16 שנה אושרו (15.5.18) תקנות המבטיחות את עצמאות הביקורת הפנימית בעיריות. עם כניסתן לתוקף, יחויבו העיריות להעמיד לרשות מבקרי הפנים שלהן, כוח אדם ותקציבים המאפשרים להם לבצע ביקורת אפקטיבית.
התקנת תקנות בשנת 2002 נכנס לתוקף תיקון מס' 80 לפקודת העיריות, שמטרתו "לעגן את תפקידו של מבקר העירייה ולמנוע את תלותו בראש העירייה". הוא כלל תיקון לסעיפים העוסקים בהצעת תקציב ותקן למבקר העירייה, לפיו נוסחת התקציב והתקן ייקבעו בהתאם לתקן שיקבע שר הפנים "בהתחשב במספר התושבים, בתחומה של העירייה ובגודל תקציבה הכולל״. למרות תיקון זה, משרד הפנים השתהה ולא קבע תקנות המסדירות את התקציב והתקן של מבקר העירייה, גם לא לאחר ש
מבקר המדינה העיר ב-2010 למשרד הפנים, כי יש צורך "בקביעת אמות מידה אוביקטיביות לתקנים ולתקציב, כנדרש בחקיקה".
בדצמבר 2013 הגישו התנועה לאיכות השלטון ואיגוד מבקרי הרשויות המקומיות עתירה נגד שר הפנים והיועמ"ש לממשלה, לנמק מדוע שר הפנים "לא יפעל בהתאם לחובה המוטלת עליו מכוח הפקודה לקבוע תקני כוח אדם ותקציב מינימלי ללשכת מבקר עירייה".
בעקבות העתירה קיימו הצדדים דין ודברים שבסופם הודיע החודש שר הפנים,
אריה דרעי, ליו"ר הוועדה לביקורת המדינה,
שלי יחימוביץ, כי המשרד ואיגוד מבקרי הרשויות המקומיות הגיעו להסכמות שעל בסיסן הוא מבקש לאשר בוועדה את נוסח התקנות המוסכם. ואכן ב-15.5.2018 אישרה הוועדה לביקורת המדינה את תקנות העיריות (תקנים ותקציב שנתי ללשכת מבקר עירייה), התשע"ח-2018, שייכנסו לתוקף עם פרסומן. עם זאת יש לציין, כי התקנות חלות רק על עיריות שהן רבע מכלל הרשויות המקומיות.
הבשורה שבתקנות ישראל היא חלוצה בתחום אסדרת תחום הביקורת הפנימית בחקיקה וברוב המגזרים הציבוריים במדינה קיימת הוראת חוק מעין זו. ברם, אין חקיקה הקובעת היקף תקציב ותקן כוח אדם בלשכת המבקר. כן מוסדר בחקיקה, ואף זה היה תקדים בשעתו, הוראות חוק המסדירות, במועצות מקומיות ואזוריות, את היקף המשרה של המבקר הפנימי הראשי.
התקנות החדשות באות לקדם את סוגיית משאבי הביקורת, בכך שהן מחייבות עיריות להעמיד לרשות מבקרי הפנים שלהן עובדי ביקורת ותקציב ששיעורו ייקבע כאחוז מתקציב העירייה. התקנות עושות זאת באמצעות שני סעיפים אופרטיביים המתייחסים לגובה תקציב לשכת המבקר ולגובה תקן כוח אדם.
תקנה 2 לתקנות כוללת 14 דרגות הנעות מעובד ביקורת בחצי משרה ועד ל-15 עובדי ביקורת. גובה הזכאות נקבע בהתאם לאחד משני הפרמטרים הבאים, הנמוך מבניהם: גודל האוכלוסייה (באותה רשות) והתקציב השנתי של העירייה. כך למשל, עירייה שמספר תושביה עד 40,000 או שתקציבה עד 150 מיליון שקל (הנמוך ביניהם) תמנה עובד ביקורת אחד בחצי משרה, וכך הלאה. לגבי תקציבו של המבקר: תקנה 3 לתקנות כוללת 11 דרגות, שבכל אחת ארבעה תתי-דרגות, הנעות מתקציב שנתי בסך 90,000 או 0.75% מתקציב העירייה, הנמוך ביניהם, ועד לתקציב של 4 מיליון שקל או 0.202% מתקציב העירייה, הנמוך ביניהם.
הגברת עצמאות הביקורת להבדיל מביקורת חיצונית (כגון רו"ח-מבקר, רגולטור, מבקר מדינה), ביקורת פנימית באופן טבעי תלויה יותר במבוקר. על כן, כדי לאפשר ביקורת אפקטיבית, יש להבטיח את עצמאותה בין היתר על-ידי הענקת משאבים ללא תלות במבוקר או בתלות מינימלית במבוקר. לאור זאת נקבעה בחוק פרוצדורה ייחודית לקביעת תקציב ללשכת מבקר העירייה ולפיה, להבדיל מיתר יחידות הרשות, הנהלת העירייה תדון בהצעת תקציב ותקן כוח האדם של המבקר, כפי שהגיש אותה המבקר (להבדיל מיתר היחידות, שבהן התקציב מוגש בידי גזבר העירייה). ברם, כפי ציין מבקר המדינה בעבר, מבקרים רבים מציינים, כי "להערכתם התקציב המאושר להם בכל שנה נמוך והוא מקשה עליהם את עבודת הביקורת".
ברור שהתקנות, כשם שלבטח ישפרו את מעמד הביקורת הפנימית, הן גם עדות לכך שלא ניתן לסמוך על מקבלי החלטות, וכי אין מנוס מלהסדיר בחקיקה סוגיה חשובה זו. יש לראות, למרות שהתקנות תוקנו באיחור של שנים רבות, את משרד הפנים כרגולטור הפועל בדרכים חדשניות כדי לחזק את הביקורת הפנימית במגזר המוניציפלי, ויש לקוות שהוא ישלים את העבודה ויקבע תקנות דומות גם למועצות המקומיות והאזוריות.