ב-22.6.09 חתם שר האוצר על צו המעלה את שיעור המע"מ מ - 15.5% ל- 16.5% החל מיום 1.7.09 ועד סוף שנת 2010. לשינוי בשיעור המע"מ קיימות השפעות בתחום המקרקעין הן על מכירה הן על השכרה והן על מתן שירותי בנייה.
בשונה ממספר תחומים, בהם קיים מע"מ בשיעור אפס (לדוג' פירות וירקות או שירותי תיירות - סעיפים העומדים אף הם כיום במוקד הדיון), שיעור המע"מ ביחס למקרקעין עומד בד"כ על השיעור המלא, למעט חריגים שעניינם שינויי מבנה בהתאם להוראות פרק ה2 לפקודת מס הכנסה (מיזוגים, פיצולים, העברת נכסים כנגד מניות). עם זאת, קיימות פעילויות פרטיות שכלל אינן חייבות במע"מ כדוגמת מכירת מקרקעין שנרכשו למגורים או להשקעה בידי מי שאינו עוסק במקרקעין. בנוסף קיימים מקרים הזכאים לפטור מפורש ממע"מ כגון השכרה למגורים וכן השכרה בשכירות מוגנת (לרבות למטרת עסק) ומכירת נכס המושכר בשכירות מוגנת. מטבע הדברים במקרים בהם קיים פטור (או אי חבות) אין השפעה לעליית שיעור המע"מ ועל כן נתייחס להלן רק לפעילות המתחייבת במע"מ.
כל עוד המדובר בפעילות בין "עוסקים" למטרות החייבות במע"מ השפעת עליית שיעור המע"מ הינה מימונית בלבד, כיוון שהמע"מ המועבר ע"י צד אחד לעסקה ממילא מנוכה כתשומות ע"י הצד האחר.
ההשפעה העיקרית של עליית שיעור המע"מ הינה כלפי צרכנים סופיים - בעיקר הציבור הרחב (אנשים פרטיים) וכן מלכ"רים ומוסדות כספיים, שאינם זכאים לפי המקובל, לנכות את המע"מ עד למכירת המקרקעין או השכרתם. במרבית המקרים גורמים אלה ישאו בנטל העלאת המע"מ. זאת מאחר שלמרות שעל פי חוק החבות במע"מ כלפי רשויות המדינה הינה על המוכר (או נותן השירות / המשכיר), הרי שבד"כ ההסכמה החוזית מגלגלת את המע"מ על הצרכנים הסופיים. ביחס לעסקאות שתנאיהן סוכמו לפני שיעור עליית המע"מ קובע גם סעיף 6 לחוק מע"מ במפורש שכל עוד לא נקבע אחרת (בחוזה או בדיני הפיקוח על המחירים) המוכר רשאי לדרוש מן הקונה לשאת בעליית שיעור המע"מ.
בעת השכרה של נכסים מועד החיוב במע"מ הינו על בסיס מזומן, כך שמי שהינו שוכר מסחרי (שלא למגורים) שיקדים וישלם למשכיר את דמי השכירות לפני ה- 1.7.09 לכל תקופה שלא תהיה יהיה חייב עדיין במע"מ בשיעור הישן. לעניין זה רלבנטיות במיוחד למלכ"רים ומוסדות כספיים.
במכירת מקרקעין החבות במס הינה עם העמדת המקרקעין לרשות הקונה או עם רישום המקרקעין על שמו, אך במקרים בהם משולם סכום ע"ח התמורה החיוב במע"מ מוקדם למועד אותו תשלום. לפיכך רוכשי דירות המקדימים תשלומים יימלטו מעליית שיעור המע"מ ביחס לכל אותם תשלומים שישולמו לפני 1.7.09 (ואם המסירה תהיה לפני מועד זה ממילא לא תהיה השפעה כלל לעליית המע"מ). בשוק המשני (דירות יד שנייה) אין בד"כ חבות במע"מ כלל כפי שהוסבר לעיל.
ביחס לשירותי בניה - החיוב במס הינו בעת סיום העבודה והעמדת המקרקעין לרשות מזמין העבודה, כאשר גם כאן הסייג הינו כי תשלומים על חשבון מתחייבים בעת תשלומם. לפיכך, מי שיקדים תשלומים או ידאג להשלמת העבודה עד.1.7.09 יזכה להישאר במע"מ בשיעור הישן.
עוד נציין כי לאור הלכת ניכן הותיקה, בעלי קרקע פרטיים המבצעים עסקת קומבינציה ייטיבו לעשות אם ימסרו חזקה במקרקעין לקבלנים לפני 1.7.09, שאז יחול החיוב במס בשיעור הנמוך יותר. אמנם מקובל למסור חזקה רק במתן היתר בנייה, אך ניתן גם להקדים את המועד.