לא ברור האם בבר-אילן יש עודף כסף או חסר כסף. בעוד שמקורבים לנשיא האוניברסיטה זוכים לדמי הבראה פי שלושה מהמקובל במגזר הציבורי ועובדים מנהליים שהנשיא חפץ ביקרם זוכים לקרנות מחקר המיועדות לסגל אקדמאי בלבד, כשדברים מגיעים לסטודנט מן השורה, יש מחסור ומרגישים בקיצוצים.
שלושים וחמישה סטודנטים בעלי לקויות למידה קיבלו הודעה כי תמיכת האוניברסיטה עבור פרויקט לעזרה בלימוד השפה האנגלית מבוטל לאלתר:
[קישור]. סטודנטים שבנו את תוכניותיהם על העזרה הזו, פתאום מצאו את עצמם בפני שוקת שבורה. שינו להם את כללי המשחק תוך כדי המשחק כדי לצמצם עלויות תקציביות.
סטודנטים מן השורה במחלקה למדעי המחשב גם מרגישים את הקיצוצים. בדוח הערכה שנכתב על-ידי נשיא אוניברסיטת תל אביב המודח פרופ' צבי גליל ועוד מספר פרופסורים מתואר המצב העגום:
[קישור].
במחלקה יש כ-800 סטודנטים ורק 17 מרצים מן המניין. הדוח של פרופ' צבי גליל העיר כי צריך לגייס לפחות עוד חמישה מרצים. ביולי 2008 שלחה מל"ג מכתב בו היא מחייבת כל מחלקה במדעי המחשב ביחס של 25 סטודנטים למרצה, כלומר בר-אילן צריכה להעסיק 32 מרצים למדעי המחשב:
[קישור].
מה עשתה בר-אילן? גייסה עוד פרופסור אחד בהסכם מיוחד בו ניתן לפרופסור פטור מוחלט מהוראה עד צאתו לפנסיה. כשאתה חבר של נשיא האוניברסיטה, הכל אפשרי. מה עם הסטודנטים? ימשיכו ללמוד בכיתות ענקיות.
לאחרונה, כשהממונה על השכר באוצר עלה על המשכורות המנופחות שמקבלים החברים של פרופ' משה קווה בבר-אילן, בר-אילן טענה שמל"ג מפקחת עליה, אבל יושב-ראש ועד ראשי האוניברסיטאות עד לא מזמן היה נשיא בר-אילן - משה קווה וכך גם שמל"ג מעיר לבר-אילן, הכל עובר בשקט. פרופ' צבי גליל הודח מנשיאות אוניברסיטת תל אביב על דברים פעוטי ערך לעומת מה שקורה בבר-אילן.
מנכ"ל אוניברסיטת בר-אילן שהינו אחד משיאני חריגות השכר כתב מכתב לכלל עובדי בר-אילן ב-11 לאוגוסט 2009. במכתב איים בפיטורי עובדים אם לא תהיה התייעלות בתפוקת העבודה. כנראה גם לחוצפה בבר-אילן אין גבולות.