"עסקות ייצוא ביטחוני מתנהלות, בדרך כלל, באמצעות מתווכים וסוכנים ומול גורמים צבאיים וממשלתיים זרים תחת מעטה של חשאיות. משום כך, עסקות אלה טומנות בחובן חשש לפגיעה בטוהר המידות ובכללי מינהל תקין. הואיל וכך, נדרשת שבעתיים הקפדה על כך שתהליכי העבודה יתבצעו בכל עסקה ועסקה על-פי החוק, התקנות, הוראות משרד הביטחון והנהלים של אגפיו". כך פותח
מבקר המדינה את הפרק בדוח העוסק בייצוא הביטחוני.
בשלושה מקרים פעלו מנכ"ל משהב"ט,
אודי שני, וראש אגף הפיקוח על הייצוא, מאיר שליט, שלא בהתאם לחוק הפיקוח ותקנותיו, ואישרו ייצוא ביטחוני למדינות מסוימות למרות התנגדותו של משרד החוץ ולא הפעילו את מנגנון ההכרעה שנקבע בחוק למקרים כאלו.
בעסקה לייצוא מערכת מסוימת למדינה ג' נפלו פגמים מהותיים, כשחלקם אף מהווים פגיעה בכללי מינהל תקין. משרד הביטחון פעל שלא בהתאם לכללים שנקבעו בחוק הפיקוח ובהוראות שלו-עצמו, ואף התערב לטובתה של חברה ישראלית מסוימת שהתמודדה מול חברה ישראלית אחרת. אי-קיום הכללים מנע ממערכת הביטחון את בחינת סוגיית הייצוא של המערכת למדינה ג' בראייה מערכתית כוללת.
ביקורתו של המבקר על שני (ששימש קודם לכן כראש האגף לסיוע ביטחוני, המטפל בייצוא) אישית וחריפה: "התנהלות מנכ"ל משרד הביטחון באה לידי ביטוי בנקיטת פעולות המצריכות סמכויות חוקיות, ללא סמכויות כאלה; באי-קיום חוק הפיקוח ותקנותיו, והוראות משרד הביטחון; בקבלת החלטות שאינה מבוססת על עבודת מטה סדורה; ובאי-התייעצות עם שר הביטחון בנושאים בעלי השלכה מהותית על מדיניות הייצוא הביטחוני.
"משרד מבקר המדינה מעיר בחומרה, כי נוכח הרגישות המדינית שבייצוא הביטחוני, המצב של אי-מילוי הוראות חוק הפיקוח ותקנותיו ביחס לתיאום ולהתייעצות עם משרד החוץ, מעלה חשש לפגיעה באינטרסים המדיניים של מדינת ישראל. עוד מעיר משרד מבקר המדינה, כי על משרד הביטחון להפיק את הלקחים העולים מדוח זה, ולוודא שליקויים כאלה בתהליכי העבודה לא יישנו". ומה אומר השר,
אהוד ברק? "בכוונתו לפעול בהמשך על-פי המתבקש מדוח הביקורת", הודיע למבקר.
הדיון המקדים כבר מכריע
בשנת 2010 אוישו 222 משרות במשרד הביטחון במכרזים פנימיים, ומשרד המבקר בדק 80 מתוכם. בביקורת עלו ליקויים בשלבים השונים של המכרז: ב-30% מהם נמצאו ליקויים בהתנהלות נציגי המשרד ונציגי נציבות שירות המדינה בנוגע לטיפול בפניות המועמדים ובניהול הישיבות של ועדות בוחנים. בחלק גדול מהמכרזים קיים המשרד דיון מקדים בטרם התכנסות ועדת הבוחנים - דבר שיש בו כדי לפגוע בכללי המינהל התקין, במיוחד לנוכח העובדה שנמצא מיתאם גבוה בין ההחלטות בדיון המקדים לבין ההחלטות הסופיות במכרזים; המבקר דורש להפסיק לחלוטין את הדיונים המקדימים. כמו-כן נמצא, כי פרוטוקולי הדיונים של ועדת הבוחנים אינם משקפים את מהלך הדיון עד לקבלת ההחלטה.
בחינת המכרזים העלתה ליקויים בסדרי העבודה של ועדות הבוחנים: במספר מקרים נבחרו מועמדים שלא קיבלו את מירב הנקודות, והדבר לא נומק כראוי; נמצאו מכרזים שבהם הציונים שנציגי המשרד בוועדת הבוחנים נתנו למועמדים במרכיב ההשכלה לא תאמו את השכלתם בפועל ו"הדבר מעורר ספק, שמא הציון ניתן כדי לקדם מועמד מועדף ולא באופן ענייני"; נמצאו מכרזים שבהם היו פערים גדולים בין הציונים שנתנו חברים שונים בוועדות בוחנים לאותו מועמד, גם כשמדובר בנתונים אובייקטיביים כגון ניסיון, ידע, השכלה והכשרה.
נמצאו מקרים שבהם פורסמו מכרזים, בלי שתיאורי התפקיד ודרישות הסף נבחנו ועודכנו טרם פרסום המכרז, ומקרים שבהם ניסוח דרישות המכרז לא היה חד-משמעי, דבר שאיפשר פרשנויות שונות. לדברי המבקר, נתגלו מקרים של "הכנסה של שיקולים לא רלוונטיים במטרה להביא לבחירת מועמד מועדף, דבר המהווה פגיעה בכללי המכרזים ובכללי מינהל תקין".
פיגור בתשלומים לבתי החולים
פרק שלישי בביקורת במשרד הביטחון עסק ברכישת שירותי בריאות עבור חיילי צה"ל, בעקבות דוחות קודמים מהשנים 2004 ו-2008. מנכ"ל משרד הביטחון לשעבר,
פנחס בוכריס, קבע שעל משרדי הביטחון והבריאות להסדיר את הנושא עד סוף 2008 - אך הדבר לא נעשה עד היום, למרות שני דיונים בוועדת הכנסת לביקורת המדינה ולמרות הנחיה של היועץ המשפטי לממשלה לסיים את המחלוקות.
לדברי המבקר, על בתי החולים הממשלתיים ועל המרכז לשירותי רפואה בצה"ל להנהיג סדרי עבודה שיבטיחו, שהחשבוניות החודשיות יגיעו לייעדן בתוך ימים ולא בתוך חודשים, כפי שאירע לעתים קרובות. בנוסף לכך, על המרכז לשירותי רפואה בצה"ל ועל משרד הביטחון לעמוד במועדי התשלום לבתי החולים, ולנקוט צעדים שימנעו המשך התופעה של פיגור בתשלום לספקי השירותים.