בשנת 2002 החליטה הממשלה לפקח ולקבוע כללים ברכבת ישראל, אבל רק באוגוסט 2011 הודיע שר התחבורה ישראל כ"ץ על חתימה על הסכם בטיחות. עד אז לא השלים משרד התחבורה את יישום ההחלטה במשך עשור.

דוח מעקב של מבקר המדינה מגלה (יום ג', 1.5.12) כי מרבית הליקויים עליהם עמד בדוח משנת 2006 לא תוקנו. בשנים אלה כיהנו השרים שאול מופז וישראל כ"ץ. המבקר מציין כי המחדל מסכן חיי אדם וכל דחייה נוספת עלולה להסתיים בתאונה.

החתול שומר על השמנת

הוא מותח ביקורת הן על חברת רכבת ישראל והן על משרד התחבורה. נמצא שהמשרד טרם הסדיר בחקיקה את נושא מתן הרישיונות לנהגי רכבת, הפיקוח על סדרי הבטיחות וענישה ראויה של נהגי רכבת המתרשלים בתפקידם ומסכנים את הציבור. בפועל הרכבת עדיין מפקחת על עצמה ומשרד התחבורה טרם תיקן ליקוי חמור זה, חרף ההערות החוזרות ונשנות. ליקויים נוספים:

• אגף רישוי ובקרה מסילתי במינהל היבשה שהוקם ב-2008 אויש רק במנהל אגף, ולא הועסקו בו עובדים מקצועיים.

• הבירור הפנימי של תאונות והיחס בינו ובין החקירה בידי המשטרה או ועדות בירור ובדיקה שמקים השר לא הוסדר. אין תקנות בדבר מינוין, פעולותיהן וסמכויותיהן של הוועדות.

• אין עקביות בעונשים בגין הפרת תקנות ונהלים ברכבת, עונשים בגין מעבר על פני סימנור אדום, נסיעה במהירות גבוהה ואי-עצירה לפני מחסום מקולקל היו לעיתים קלים מדי, ולא ניתן משקל להצטברות עברות. בדצמבר 2006 אישר הדירקטוריון סולם עונשין חדש, ונאמר שיובא לידיעת כלל העובדים עד סוף ינואר 2007. בנובמבר 2010 נמסר לדירקטוריון כי אין תוקף להסכמה לשינוי בסמכויות ועדת המשמעת. עד דצמבר 2011 טרם הונהג סולם עונשין חדש וטרם נקבעו עונשי מינימום מדורגים לעברות על-פי חומרתן.

• הפרדה מפלסית במפגש מסילה-דרך ליד כפר מנחם הסתיים כשלוש שנים וחצי אחרי המועד המתוכנן. שבע הפרדות הסתיימו באיחור של כשנה.

• באוקטובר 2009 אישר הדירקטוריון להקים אגף פיקוח תפעולי ארצי שיעסוק בבטיחות. האגף החל לפעול רק כעבור שנתיים.

פיצויי פרישה מוגדלים

פרק נוסף בביקורת הוקדש לסדרי פרישתם של עובדי חברת הרכבת במסגרת הסכם פרישה משנת 2007. תהליך הטיפול בפרישת עובדים לא תועד ולא צוינו הנמקות לבחירת העובדים שיפרשו. בתהליך קבלת ההחלטות בנושא הענקת פיצויי פרישה מיוחדים (שאינם מחויבים) לעובדים בכירים נפלו פגמים של מינהל תקין.

אשר לפורשים במסגרת ההסכם, שנחשדו בעברות משמעת או בעברות פליליות, לא נמשך בירור את החשדות שהועלו לגביהם ולא התייעצו עם היועץ המשפטי של החברה אם ראוי למצות את החקירות בתחום המשמעתי, להעביר את הנושא להמשך טיפול במישור הפלילי, או להביא לידי פרישה מוקדמת של עובדים אלו. הנהלת החברה גם לא יידעה את הדירקטוריון בעניינם של מקרים אלה.