בג"ץ סומך את ידיו (יום ב', 6.8.12) על הנוהל הקיים לחקירת תלונות נחקרים נגד השב"כ, ולפיו החקירה מתבצעת בידי גוף הכפוף למשרד המשפטים, אם כי מורה על מספר שינויים בנוהלי העבודה.
עד 1994 נבדקו תלונות אלו, במיוחד על עינויים, בידי מבקר תלונות נחקרים בשב"כ (מבת"ן) שפעל בתוך השב"כ. מאז 1994 קיימת אבחנה בין תלונות פליליות על חוקרים לבין תלונות פליליות על מי שאינם חוקרים. תלונות נגד עובדים שאינם חוקרים נבדקות בידי המחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש) במשרד המשפטים, לאחר בדיקה בידי פרקליט שקיבל לעניין זה את סמכותו של היועץ המשפטי לממשלה.
תלונות נגד חוקרים נבדקות בבדיקה מוקדמת בידי המבת"ן, שהוא עובד שב"כ הכפוף מבחינה מקצועית לפרקליט בכיר בפרקליטות המדינה. הלה בוחן את התיק וההמלצה ומחליט על המשך הטיפול, והאפשרויות הן אלה: א. העברת הטיפול לגורם המוסמך - מח"ש - לשם פתיחה בחקירה פלילית (אלא אם הממונה הוא משנה לפרקליט המדינה ובעל הסמכות להכריע בעניין בעצמו); ב. פתיחת הליכים משמעתיים או שינוי פנימי בנוהלי העבודה; ג. גניזת התיק (והתלונה).
598 תלונות ואף חקירה
מספר ארגוני זכויות אדם ומי שנחקרו בעבר בידי השב"כ ביקשו מבג"ץ לקבוע, כי על היועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה פלילית בכל מקרה בו מוגשת תלונה שעניינה עינויים או התעללות בנחקרים על-ידי עובדי שב"כ שאינה מופרכת על פניה. לטענתם, הנוהל הנוכחי נותן למעשה חסינות לחוקרי השב"כ; הם ציינו, כי מתוך 598 תלונות שהוגשו ליועץ המשפטי בשנים 2008-2001 על התעללות אנשי שב"כ בנחקרים, לא העבירה הפרקליטות גם לא מקרה אחד לחקירה פלילית. המדינה מסרה מצידה, כי בשנת 2010 החליט היועץ
יהודה וינשטיין שהמתב"ן שוב לא יהיה עובד שב"כ אלא עובד משרד המשפטים, ועבודת המטה ליישום ההחלטה נמצאת בעיצומה.
השופט
אליקים רובינשטיין דן תחילה בשאלת הפיקוח המשפטי על פעילות שירותי הביטחון ומסיק, כי "השב"כ כמובן אינו מעל לחוק ואינו חסין מביקורת; אך ברי כי יש גם מקום לסינון רלוונטי, מתוך התחשבות במאפייני עבודת השב"כ, ומבלי להיתמם, גם בחשש לתלונות שווא על-רקע ניגוח פוליטי ואידיאולוגי, במאטריה בה עסקינן".
מסקנתו בנוגע לחקירות היא: "ההחלטה להעביר את המבת"ן למשרד המשפטים ראויה וחשובה הן במהות, שהרי גם שיתכן כי יהא זה עובד שב"כ לשעבר, יידע מהו משימתו והיכן הוא ממוקם; והן במראית העין, שהביקורת לא תיעשה על-ידי מי ש'חב נאמנות מוסדית' לשב"כ. כשלעצמי סבורני גם, כי ראוי לשקול לעגן את המבת"ן והפיקוח עליו בחוק השב"כ. מבת"ן - איפוא - כן; אך במיקום מוסדי חדש, ושקיפות רבה יותר".
הארכת המועד לעררים
מבחינה מעשית קובע רובינשטיין: "אין פסול בקיומו של מנגנון המבת"ן - במשרד המשפטים; כי ראוי שהממונה על המבת"ן יבדוק כל תלונה ויוסמך בחוק לא רק לסגור את התיק אלא גם לפתוח בחקירה (באצילת סמכות). החלטת הסגירה תהא על דעת בעל הסמכות; הודעה על זכות ערר כדין תימסר בכל תיק; וכמובן לא ננעלו שערי ביקורת שיפוטית".
לגבי בקשותיהם של העותרים הספציפיים לפתוח בחקירות תלונותיהם על עינויים שעברו לטענתם בידי השב"כ, קבע בג"ץ, כי היועץ המשפטי יודיע בתוך חודש האם הוא מוכן להאריך את המועד בו יוכלו עותרים אלו לערער על גניזת תלונותיהם. באותה מסגרת גם יעדכן היועץ המשפטי לגבי יישום העברת המבת"ן מהשב"כ למשרד המשפטים.
השופט
עוזי פוגלמן הוסיף, כי יש צורך לצורך לעגן בחקיקה ראשית את סמכויות המבת"ן והממונה על המבת"ן. לדבריו, להעברת המבת"ן למשרד המשפטים "משקל מכריע מבחינתי. ככל שיתברר כי השינוי לא יוצא מהכח אל הפועל, תהיה זו עילה לחידוש הדיון". הנשיא
אשר גרוניס הצטרף גם הוא להחלטתו של רובינשטיין.