קיימים ליקויים בתחומי הארגון והניהול של כוח האדם שברשות מינהלת "חומה"; ליקויים, הפוגעים בחלקם בכללי מינהל תקין, בניהול ובבקרה המיטביים של הפרויקטים שבאחריותה, וכפועל יוצא מכך - בעקרונות היעילות והחיסכון. כך קובע (יום ד', 17.7.13)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
מינהלת תוכנית "חומה" היא מסגרת ארגונית שהוקמה בשנת 1991 במינהל למחקר פיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית שבמשרד הביטחון. "חומה" מרכזת את הפרויקטים של "חץ 2", "חץ 3", "שרביט קסמים" ו"כיפת ברזל".
על-אף החשיבות והמרכזיות של פעילות מינהלת "חומה", במהלך עשרים השנים שחלפו מהקמתה, לא נעשתה במערכת הביטחון עבודה מקיפה לבחינת המבנה ותמהיל כוח האדם הדרושים לה, ובפועל הם תולדה של אילוצים ונסיבות ולאו-דווקא פרי של ניתוח ותכנון. כמו-כן, העסקת רוב המפתחים בידי מינהלת "חומה" נעשתה שלא בהתאם לחלק מהוראות התקשי"ר, להנחיות היועץ המשפטי לממשלה ולהוראות משרד הביטחון.
לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שמינהלת "חומה", המינהל למחקר פיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית (מפא"ת) ואגף מינהל ומשאבי אנוש (אמ"ש) יבחנו את התמהיל הקיים של המפתחים המועסקים בה בידי חברות חיצוניות, כדי לאתר ולמפות את אלה שאינם עונים על הגדרת "מפתח", ויעבירו את הבקשות להעסקתם במסלול המיועד לכך. כמו-כן, על-מנת להגביר את הפיקוח והבקרה על העסקתם של המפתחים, מן הראוי, כי ועדת מפתחים במפא"ת תפעל, בתיאום עם מינהלת "חומה" ובשיתוף אמ"ש, לריכוז המידע הנוגע לכל אחד מהם, ותאשר אותם מכאן ואילך באופן פרטני.
נוסף על כך, על מינהלת "חומה" לרכז ללא דיחוי את המידע הנדרש על חברות המפתחים ועובדיהן, כדי לפעול למניעת
ניגוד עניינים, וכן לנקוט צעדים שמטרתם למנוע העברת מידע עסקי בין התעשיות הביטחוניות באמצעות חברות המפתחים ועובדיהן.
עוד סבור משרד מבקר המדינה, כי יש לערוך בחינה מקיפה של צורכי מינהלת "חומה" נוכח משימותיה ובהתחשב בממשקי עבודתה מול התעשיות הביטחוניות, מול הממשל האמריקני ומול הגורמים השונים בצה"ל ובמשרד הביטחון, ולהמליץ על מבנה ארגוני ותמהיל כוח אדם מיטביים. זאת, בהתחשב בשיקולים מבצעיים ותפעוליים, ובשיקולי כדאיות כלכלית בביצוע משימותיה.
