ההגנה על מאגרי הגז הטבעי שהתגלו בים התיכון היא חלקית, עקב האמצעים הבלתי מספקים שיש באפשרות צה"ל להקצות למשימה זו. הטיפול בנושא נמשך מספר שנים למרות חשיבותו ודחיפותו. כך מגלה (יום ד', 12.3.14) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

שפירא מציין, כי לנוכח חשיבותם העצומה של מאגרי הגז, הם עלולים לשמש יעד לפגיעה מצד מדינות עוינות וארגוני טרור. מזכ"ל החיזבאללה, חסן נסראללה, אף השמיע איומים מפורשים בנושא. לפגיעה במתקני הגז עלולות להיות השפעות כלכליות ואסטרטגיות משמעותיות על ישראל, והיא אף עלולה להרתיע חברות בינלאומיות בפעילותן בתחום גילוי מאגרי הגז והפקתו, ולגרום לשיבושים משמעותיים במהלכם התקין של החיים בישראל.

שפירא מייחד חלק משמעותי מפרק זה בדוח לסחבת בגיבוש תוכנית ההגנה. המטה לביטחון לאומי הודיע בדיון שהתקיים בסוף נובמבר 2010, שבכוונתו לסיים את עבודת המטה לאבטחת מתקני הגז הקיימים ולהגנה על המרחב הימי שביניהם עד לרבעון הראשון של 2011. למרות זאת, בפועל הוצגה לראשונה הצעת המחליטים לדיון ולאישור בקבינט הביטחוני רק באפריל 2013, והחלטת הקבינט התקבלה רק בנובמבר 2013.

שפירא קובע: "בהתחשב באיומים הביטחוניים על מתקני הגז, ומשום שעדיין קיימות פעולות שעל צה"ל להשלים בתוכנית ההגנה, ראוי היה שתהליך הסדרת ההגנה על מתקני הגז בים עד לקבלת ההחלטה בקבינט הביטחוני יהיה קצר משמעותית. מדובר בנושא שהוא בעל חשיבות אסטרטגית וכלכלית עצומה לישראל, אך בהעדר החלטת קבינט המאשרת את תוכנית ההגנה על מתקני הגז בים, לא יכלו צה"ל ומשרד הביטחון לנקוט צעדים למימוש תוכנית הגנה זו, בה בעת שחלק ממתקנים אלו כבר החלו לפעול והם משמשים יעד לפגיעה".

המטה לביטחון לאומי לא התמודד במסגרת עבודת המטה שערך עם החלופות שהציג צה"ל, וניתח אותן ואת המשמעויות הנובעות מהן, ובכלל זה את עלותה של כל חלופה ואת רמת ההגנה שהיא מעניקה, כדי לאפשר לשרי הקבינט הביטחוני לקבל החלטה הנשענת על הנתונים הדרושים לקבלתה.

לדברי שפירא, נוכח העובדה שעדיין קיימות פעולות שעל צה"ל להשלים בתוכנית ההגנה העתידית, על צה"ל להקטין עד כמה שניתן את הסיכון לפגיעה במתקני הגז בעת הנוכחית. במסגרת זו ראוי לבחון גם דרכים להקדמת רכש אמצעים שאושרו כחלק מתוכנית ההגנה העתידית.

עוד נקבע בהמלצות, כי על המטה לביטחון לאומי לבחון חלופות מבצעיות לשיפור מערך ההגנה הקיים עד למימושה המלא של תוכנית ההגנה העתידית. לאחר בחינת החלופות, ראוי שהמטה יציג לקבינט הביטחוני, לאחר עבודת מטה נוספת, את יכולת ההגנה החלקית הקיימת בצה"ל, לרבות המשמעויות הנובעות מכך, ואת החלופות המבצעיות שנבחנו, כדי להקטין עד כמה שניתן את הסיכון לפגיעה במתקני הגז בעת הנוכחית.