ארגון נכי צה"ל אינו מכין אומדן "עלות מחזור חיים" (עלות הבנייה ועלויות התפעול והתחזוקה) של פרויקטים בתחום הבינוי שהוא מבצע, ולכן אינו יכול לבחון את המשמעויות התקציביות השנתיות והרב-שנתיות המלאות של כל פרויקט. הארגון קבע משימות בתוכנית העבודה בלא שהיה לו מקור תקציבי לביצוען.
הארגון לא בחן האם יש צורך להגדיל את מספר מרכזי הפעילות של הנכים בפריפריה ואת המשמעויות הנובעות מכך, ולא גיבש תוכנית רב-שנתית כדי לשפר את נגישותם של שירותים ופעילויות לנכים בפריפריה.
כאשר כבר פעל הארגון בפריפריה, הוא עשה זאת בצורה בזבזנית. בית הלוחם בבאר שבע הוקם כדי לשרת 3,000 בתי אב - למרות שהנהלת הארגון ידעה שישרת לכל היותר 1,300 בתי אב. הארגון גם מתעקש להשקיע 128 מיליון שקל בהקמת בית הלוחם באשדוד, למרות שחוות דעת מקצועית קבעה כבר ב-1999, כי מוטב להקים אותו בעיר אחרת באזור השפלה כדי להגדיל את מספר המשתמשים בו. מאחר שהקמת הבניין טרם החלה, שפירא מציע לארגון לבחון מחדש החלטה זו.
הארגון לא קבע בנהליו חובה להחליט מראש על אמות מידה בעת הבחינה של מספר הצעות מספקים, ואת משקלה היחסי של כל אמת מידה. בנוסף לכך, נוהלי הארגון העוסקים בהתקשרויות עם ספקים לצורך רכש סחורות או שירותים, אינם מתייחסים לפרק הזמן המרבי שבו ניתן להתקשר עם ספק שירותים או עם ספק סחורה בהתאם לסוגי ההתקשרויות, להיקפן ולמשכן.
אגף השיקום במשרד הביטחון מנכה מתגמולי הנכים מספר תשלומים שאינם עולים בקנה אחד עם המותר על-פי החוק, ובכלל זה דמי החברות של הנכים בבית הלוחם, דמי החברות בבתי הלוחם עבור בני משפחותיהם של הנכים ותשלומים בגין הלוואות שנטלו הנכים מארגון נכי צה"ל. תשלומים אלו נמשכים למרות שמשרד
מבקר המדינה כבר העיר בעבר על אי-חוקיותם.
נכי צה"ל זכאים לקבל מאגף השיקום רכב רפואי או רכב רפואי בבעלות המדינה. אלו מביניהם העובדים בשירות המדינה, זכאים גם להחזר כספי ממעסיקיהם בגין הוצאות רכב. ישנם נכי צה"ל העובדים בגופים ציבוריים אחרים, כגון: רשויות מקומיות, חברות ממשלתיות וחברות עירוניות, והם זכאים לקבל הטבות בגין הוצאות רכב ממוסדות אלה. כלומר: ישנם נכי צה"ל המקבלים כפל הטבות מקופת המדינה. "מצב זה לקוי מיסודו, וגורם להוצאות כספיות מיותרות וכפולות לאוצר המדינה. הדברים היו ידועים למשרד האוצר זה שש שנים, בלי שנקט פעולה ממשית כדי לתקנם", אומר שפירא.
חלק חשוב בתהליך שיקומם של נכים הוא שילובם במעגל התעסוקה. חוק חיילים משוחררים משנת 1949 קובע הסדרים שנועדו לסייע לחיילים משוחררים ולנכי מלחמה בהשתלבותם מחדש בחיים האזרחיים. אלא שהחוק והתקנות אינם נאכפים, ותקנות החוק טרם עודכנו. לפיכך, עולה חשש לפגיעה ביכולתם של נכי צה"ל לזכות בשיקום ראוי.
