במסגרת פסק דינו בפרשת הרבנים, מתייחס השופט אמנון כהן גם לשלושה רבנים בכירים שלא נשפטו בפניו: הרב אליהו בקשי-דורון, העומד לדין בנפרד; הרב ישראל וייס, שהיה הרב הראשי לצה"ל; והרב יעקב גרוס, שהיה הרב הראשי של המשטרה.

כהן אומר: "התנהלותם הקלוקלת של הרב בקשי-דורון ו[יצחק] אוחנה הינה חמורה במיוחד, בהינתן, שמלכתחילה ביקשו גופי הביטחון את מעורבותה של הרבנות הראשית, לנוכח אי-בקיאותם שלהם בכל הקשור לנושא של הלימודים התורניים. התעורר קושי בקרב גופי הביטחון, שכן הם לא ידעו כיצד להתייחס לתארים ולתעודות של בתי המדרש השונים, ואיזה מעמד להעניק לאותם בתי מדרש.

"לכן, הוחלט, שהרבנות הראשית לישראל תתפקד כמו המועצה להשכלה גבוהה ותהווה את הגוף שיכיר בתעודות השונות של בתי המדרש המגוונים. וכפי שכינו אותה עדים רבים, היא היוותה מעין 'מל"ג תורני'. גופי הביטחון סמכו באופן עיוור על הרבנות הראשית בעניין זה והאישור שלה - תעודת ההשת"ג - נהנה מחזקת כשרות אולטימטיבית. ואולם, במקום זאת, מעלה הרבנות הראשית באמון שהעניקו לה גופי הביטחון ואף ניצלה אותו".

כהן ממשיך: "הרב וייס סירב לאשר בעצמו את הסמיכה לרבנות של אנשי הקבע, זאת משום שהייתה לו תחושה שמשהו 'לא כשר בתהליך' ולדבריו, נדלקה לו נורה אדומה שכן 'משהו לא הריח טוב מן התיקים הללו'. הוא לא הבין, כיצד תעודת ההשת"ג [השכלה תורנית גבוהה], מתיישבת עם המציאות ועם היותם של חלק מהתלמידים חילוניים. בהינתן שבמילותיו הוא לא הסכים ליתן לכך יד, נמצא הפתרון, שסגנו, הרב בלק, יעשה זאת במקומו.

"פתרון זה מעורר תחושת אי-נוחות רבה. היה מצופה מהעומד בראש הרבנות הצבאית, ומי שפקודת מטכ"ל הטילה עליו את הסמכות להחליט האם להכיר באדם כמוסמך לרבנות, שלא להשאיר את סגנו להתמודד עם הנושא לבדו. להבדיל מהדרגים הנמוכים עליהם בסופו של דבר הוטלה מלאכת אישור ההסמכות לרבנות, הרי שבידי הרב וייס, כבעל דרגה רבנית בכירה וכמי שמכיר גורמים בכירים ברבנות הראשית, היה הכוח לברר את הדברים לאשורם.

"הוא יכול היה לפנות לרבנות הראשית, אף טלפונית, ולברר את פשר הכיתוב 'חמש שנים בישיבות גבוהות' וכיצד מוענקות תעודות סמיכה לרבנות לאנשים חילוניים. לכל הפחות, יכול היה להסביר לראש אכ"א את התמיהה שמעוררת הנפקת תעודות ההשת"ג לנגדים העובדים במשרה מלאה ולהסב את תשומת ליבו לנתון המחשיד של לימודים במשך חמש שנים. ואולם - הוא לא ביצע אף אחת מן הפעולות הללו".

כהן ממשיך: "עת עסקינן בגורם המאשר במשטרה, הרב גרוס, עלתה תמונה בעייתית אף יותר. להבדיל מאנשי הרבנות הצבאית, מצאתי, כי הלה ראה במו עיניו את האישור הכוזב לפיו התלמידים למדו 35 שעות בשבוע ואת הפער העולה ממנו, בין משך הלימודים במכללות של שנתיים לבין משך הלימודים המופיע בתעודות ההשת"ג של חמש שנים. כן ידע, כי ישנם תלמידים חילוניים ומכאן, ודאי שידע, כי האפשרות, שיש באמתחתם לימודים קודמים בישיבות גבוהות, הינה קלושה.

"בהיותו מי שהמערכת כולה הסתמכה על בדיקתו ובקיאותו בנושא, והטילה עליו את המשימה לבחון לגופן את התעודות שמוגשות לו, היה מצופה מהרב גרוס שלא לעבור לסדר היום למראה הנתונים המחשידים שנגלו בפניו אלא לנסות ולברר את פשרם. ואולם, הוא בחר להעלים עין מכל אלה ולא לבחון, האם תעודת ההשת"ג אכן משקפת את המציאות. הוא בחר, במילותיו שלו, ש'לא להתייחס' לאישורי הלימודים ולא לרדת 'לפרטי הדברים'. בשים לב לכל אלה, גם מצאתי בסיס לטענה, כי היה מקום להעמידו לדין".