בחקירת העצורים בשירות הביטחון הכללי עלה, כי חמאס פעל לחידוש פעילותו בשומרון באמצעות הקמת מפקדה מרכזית בשכם ובניית תשתית רחבה, לרבות מינוי ראשי אזורים וחלוקת תחומי אחריות לקידום פעילות חמאס בתחומים השונים: חינוך, כספים, משפט, תקשורת, מחקר מודיעיני, הכשרת לבבות, צדקה, העברת קצבאות סיוע לאסירי חמאס ולמשפחותיהם והכשרת הקרקע לפעילות צבאית.

להסתרת פעילותם נקטו חברי המפקדה אמצעי זהירות רבים, בכלל זאת שימוש בכינויים, הסתייעות בשליחים, בתיבות דואר אלקטרוני ובכרטיסי זיכרון ניידים, וכן קיום מפגשים חשאיים של חברי התשתית.

עוד עלה בחקירות, כי מי שכוון את חברי המפקדה בשכם ועמד עימם בקשר ישיר היה חוסאם עאטף עלי בדראן, יליד שנת 1966 במוצאו משכם, שוהה בקטאר ואשר משמש כדובר הארגון וכאחראי ארגוני במפקדת חמאס.

הקשר התבצע, בין היתר, באמצעות הקמת צירי קשר בדואר אלקטרוני, בהם הועברו הנחיות לפעילים בשטח. בדראן היה מעורב בקבלת ההחלטות לגבי גיוס בעלי התפקידים והעביר למפקדה כספים בהיקף של מאות אלפי דולרים לטובת מימון פעילותה.

הכספים הועברו, בין היתר, באמצעות רכישת זהב בירדן והברחתו לאיו"ש, בסיועם של ענאן סבע עלי פתוח יליד שנת 1971, יליד שכם, סוחר זהב, שותפו העסקי של סמיח עליוי, שחנות התכשיטים בבעלותם שימשה להלבנת כספי חמאס. בחקירתו של פתוח עלה, כי במהלך יציאותיו לירדן נפגש עם בני הזוג בסאם ומונא סאיח, תושבי שכם, ששהו בירדן תקופה ארוכה לצורך טיפול רפואי, ובפועל, שימשו כחוליה קדמית בירדן של המפקדה בשכם בנושא הכספים. השניים העבירו לידיו של פתוח סכומי כסף גבוהים, אותם קיבלו מפעילי חמאס בירדן, והוא המירם שם לזהב ולתכשיטים אשר הוברחו לאיו"ש והועברו לחנותם של פתוח ועליוי. בעת חזרתו לשכם, פעל יחד עם שותפו עליוי למכירתם הזהב והתכשיטים בחנותו. כספי המכירה הועברו למפקדה, ושימשו לפעילות חמאס בשטח.

במהלך המעצרים, נתפסו ברשות המפקדה כספים ופריטי זהב רבים מחנותו של סמיח עליוי, שיועדו לפעילות המפקדה, בשווי המוערך בכ-4 מיליון ₪. כמו-כן, נתפסו מספר כלי רכב אשר שימשו את התשתית.

חשיפת חוליית חמאס צבאית
בנוסף, הובילה החקירה לחשיפת חוליה צבאית של חמאס, שפעלה במחנה הפליטים פרעה (אזור ג'נין), ואשר חבריה הודו ברכישת משקפת ואמצעי צבאי לראיית לילה לקראת פעילות טרור עתידית. חברי החוליה הודו גם בקיום קשר עם פעילים של חזית ג'יבריל בסוריה ועם פעיל חמאס מרצועת עזה לצורך קבלת מימון לפעילות הטרור, שאותה התכוונו לקיים.

תיקי החקירה הועברו לבחינתה של התביעה הצבאית בשומרון, ובימים הקרובים צפוי כי יוגשו כתבי אישום חמורים כנגד המעורבים.

משירות הביטחון הכללי נמסר כי הפרשייה חושפת פעם נוספת את המאמצים הרבים של הנהגות חמאס, בשטח ובחו"ל, להקים תשתית ארגונית רחבה, בעלת תקציב יציב ורציף, שתהיה מסוגלת לקיים פעילות עצמאית באזור השומרון בתחומים השונים: מדע, חברה, תרבות, חינוך, איסוף מודיעין, גיוס ו"דעווה". כל זאת, מתוך כוונה לחזק את אחיזת הארגון בשטח ולהכין את הקרקע "ליום פקודה" למימוש פעילות טרור.

בנוסף, ציינו כי מהחקירות ניכר כי פעילי חמאס בכירים ומנוסים, שישבו בכלא מספר פעמים בעבר, אינם מוותרים על רצונם ונכונותם לקדם פעילות זו.