מבקר המדינה דורש ממשרד התחבורה, ממשרד הביטחון, מצה"ל ומרכבת ישראל להשלים ללא דיחוי את מיגון קו הרכבת לשדרות ומזהיר כי מיגון חלקי מסכן חיים.

בדצמבר 2013 נפתחה תחנת הרכבת בשדרות והחלה תנועת רכבות סדירה בקו אשקלון-שדרות. התברר כי קטע ממסילת הרכבת חשוף לאיום פוטנציאלי של ירי טילים נגד טנקים מתוך רצועת עזה.
עוד בשנת 2011, כאשר העבודות היו בעיצומן, דרש פיקוד הדרום למגן את הרכבת. על-פי עמדת מנכ"ל משרד הביטחון מיוני 2014, קו הרכבת הוקם "ללא מימוש המלצות המענה הביטחוני כפי שהנחה צה"ל את רכבת ישראל". הקו לשדרות הוקם בלי שבוצעה עבודת ההסתרה והמיגון ובעת מבצע צוק איתן נסגר הקו זמנית.

העלות המשוערת של הדרישה המקורית של פיקוד הדרום הייתה יותר מ-40 מיליון ש"ח, אולם לאחר דיונים רבים היא צומצמה, ומשרד הביטחון ומשרד התחבורה החליטו במשותף להסתיר את תוואי המסילה באמצעות נטיעת עצים בעלות של כ-15.7 מיליון ש"ח. רק במאי 2014, כשלוש שנים לאחר שדרש פיקוד הדרום את המיגון, החלה רכבת ישראל להוציא אל הפועל את הייעור הביטחוני. הסיכומים והתיאומים בין רכבת ישראל למערכת הביטחון לא הוצאו לפועל במלואם, בין היתר עקב המחלוקת ביניהן בנוגע לגורם שיממן זאת.

משרד מבקר המדינה מעיר לרכבת ישראל, למשרד התחבורה, למשרד הביטחון ולצה"ל כי ההתמהמהות ביישום פתרונות המיגון וההסתרה שנקטו גרמה נזק לנוסעי קו הרכבת אשקלון-שדרות ופגעה בשגרת חייהם שלא לצורך.