מאז שנת 2005 פועל
משרד התחבורה באופן שלא איפשר להוציא אל הפועל את התוכנית המקורית להסדרת פעילות המוניות - קובע (יום ד', 28.10.15)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
שפירא מטיל את האחריות על הכישלון על שר התחבורה, ישראל כ"ץ, אשר לא מימש כהלכה את אחריותו להסדיר באופן כולל ומושכל את פעילות ענף המוניות. המשרד לא יזם תיקון כולל של פקודת התעבורה ואף המליץ לכנסת להאריך את תוקף התיקון לפקודה, כלומר: להמשיך בחקיקה בשיטת ה"טלאים". ההארכות החוזרות ונשנות פגעו בתחרות על קווי השירות, בעקרון השוויון ובחופש העיסוק.
מוניות רבות חורגות בקביעות מקווי השירות שנקבעו ברישיון ההפעלה. הן מתחרות באמצעי התחבורה הציבורית האחרים במקום להיות משלימות להם, ועלולות להשפיע על סכום הסובסידיות שהמדינה משלמת ליתר המפעילים. תוקפם של רישיונות מוניות השירות צפוי לפוג בסוף שנת 2015, ולדעת סגנית היועצת המשפטית של משרד התחבורה, יש קושי לבצע בחוק תיקון נוסף.
עד מרס 2013 לא ביצע משרד התחבורה בקרה על פעילות מוניות השירות, כמו גם על תאגידי מוניות השירות ומפעילי קווי השירות. הוא לא בדק את עמידתם של המפעילים בתנאי הרישיון, לא רשם להם דוחות ולא גבה מהם קנסות. הדבר פגע ביעילות הפעלתו של מערך התחבורה הציבורית והשירות לנוסע.
משרד התחבורה לא דרש מחברת הבקרה החיצונית שנבחרה לביצוע בקרה תפעולית על מוניות השירות, לעשות את הנדרש ממנה לפי החוזה ותוכניות העבודה. כתוצאה מכך, ממשיכים לפעול תאגידי מוניות שאינם עומדים בתנאי הרישיון ורמת השירות שלהם גרועה. כמו-כן, נפתח פתח למצבים שבהם בעלי רישיון שהורשעו בפלילים ממשיכים לפעול, אף שפעילותם מנוגדת לחוק ומסכנת את הציבור.
עשירית מהקנס המירבי
אם לא די בכך, המפקח על התעבורה הפחית את שיעור הקנסות עד לעשירית מתעריפי הקנסות המירביים, על-אף ההפרות המהותיות והתכופות של תנאי הרישיונות. באגף הפיקוח הועסקו שלושה פקחים בלבד, שתפקידם העיקרי היה לבצע בקרה על יתר מפעילי התחבורה הציבורית.
מרבית הבקרות שמבצעת חברת הבקרה הן בקרות תצפית, ומיעוטן הן בקרות סמויות. בדיקה אקראית שעשה משרד המבקר העלתה שרוב פעולות הפיקוח (226 מבין 250) נעשו בשעות 15:00-09:00, שבהן גודש התנועה קטן יחסית, ולכן הנתונים העולים מפעולות פיקוח משקפים באופן חלקי בלבד את המציאות.
אי-אכיפת העמידה בתנאי הרישיון לנסיעת שירות מאפשרת קיום תחבורה ציבורית "פיראטית", אשר גורמת למשק בזבוז רב, משום שהיא מתחרה בתחבורה הציבורית המסובסדת. לדעת מבקר המדינה, על משרד התחבורה לשקול לנקוט צעדים נגד מפרי החוק, עד כדי ביטול רשיון הקו שלהם.
משרד התחבורה גם אינו יוזם פעולות פיקוח על המוניות המיוחדות ("ספיישל"), אלא מבצע פעולות כאלה רק במקרים של תלונות. הוא מטיל עיצומים על נהגי מוניות שירות, אולם פוטר בלא כלום את נהגי המוניות המיוחדות הפועלות כמוניות שירות בניגוד לחוק. לדעת משרד המבקר, בהטלת קנסות על נהגי מוניות שירות גם בגין עבירות מינהליות, לעומת אי-הטלת קנסות על נהגי מוניות מיוחדות אפילו בגין עברות פליליות, יש אכיפה בררנית ופגיעה בעקרון השוויון. המבקר ממליץ למשרד התחבורה להפעיל את סמכותו ולנקוט כלפי המוניות המיוחדות אמצעי אכיפה פליליים, או לכל הפחות למסור למשטרה את הנתונים שבידיו.
לקבוע מדיניות לחברת UBER
משרד התחבורה ציין בתשובתו מ-1.5.15, כי הפחית את הקנסות על תאגידי המוניות ולא התנה את חידוש הרשיונות בהפקדת ערבות חדשה, עקב מצבם הקשה של התאגידים, עד כדי חוסר יכולת להמשיך לפעול ללא חריגות מתנאי הרישיון. המשרד הוסיף, כי הוא אינו מעלים עין מהפרות תנאי הרישיון, אך גם אינו מעוניין למוטט את ענף המוניות, ולכן הוא נוקט אכיפה מידתית.
.
לדעת משרד מבקר המדינה, לא תקין שמשרד התחבורה ישלים עם הפרות חוזרות ונשנות של תנאי הרישיון. הוא מוסיף, כי תשובתו של המשרד מלמדת ביתר שאת על הצורך בקידום רפורמה בענף המוניות ובהסדרה מחדש של הפעילות בו בהקדם.
בעניין חברת אובר (UBER) אומר שפירא, כוונתה של חברה זו לפעול בישראל מחייבת את משרד התחבורה לקבוע מדיניות גם בנושא ההסעה בתשלום באמצעות נהגים של כלי רכב פרטיים, ואם יחליט משרד התחבורה לאפשר הסעה מסוג זה, עליו לפעול להסדרתה בחוק.