ליקויים מהותיים בתחומי ההדרכה וההכשרה בחיל המודיעין, חלקם ברמה החילית. כך עולה (יום ב', 28.3.16) מהדוח השנתי של מבקר המדינה, יוסף שפירא, על מערכת הביטחון. המבקר מצביע על ליקויים בנושאי ליבה בבית הספר למודיעין (בה"ד 15), ומתריע שמצב זה פוגעת ביכולת של מפקדת קצין המודיעין הראשי ובית הספר למודיעין למלא את ייעודם ותפקידם.

בתחום ההדרכה מצא המבקר, שלא קיימת תורת מודיעין בסיסית, שאמורה להגדיר את העקרונות הכלליים למענה המודיעיני בראיית הגורם המבצעי. כתוצאה מכך, תורת היסוד והתורות התחומיות הקיימות, שכתיבתן היא באחריות אמ"ן, עלולות שלא לענות מיטבית על צורכי ההכשרה וההדרכה בראייה המטכ"לית.

כמו-כן, מציין המבקר, לחמישה מבין 12 הנושאים המרכזיים בחמ"ן אין תורה תחומית כתובה, סדורה ומעודכנת כנדרש. במצב כזה, מטה קצין מודיעין ראשי ובית הספר למודיעין אינם מקבלים בצורה סדורה ומקיפה את התכנים התורתיים של מערכי אמ"ן השונים, הדרושים לצורך הכנת פעילויות ההכשרה וההדרכה בתחומים השונים בבית ספר למודיעין.

עוד נמצא, כי מדדי הכשירות של חמ"ן נקבעים על-ידי מנחים מקצועיים, אולם ללא פיקוח ובקרה של מיפקדת קצין מודיעין ראשי (מקמנ"ר). לדברי המבקר "העדרו של גורם מטה במקמנ"ר המרכז את תהליך קביעת מדדי הכשירות, אישורם והבקרה עליהם בראייה כלל-חילית, עלול להביא לפגיעה בתהליכי ההכשרה וההסמכה בחיל".

המבקר מתנגד בדוח לכפל התפקידים, בו מפקד בית הספר למודיעין משמש גם כראש מחלקת הדרכה במפקדת קצין מודיעין ראשי, דבר שפוגע ביכולת ההנחיה על בית הספר למודיעין והפיקוח על פעילותו. זאת ועוד: כאשר ענף ההדרכה במיפקדת קצין מודיעין ראשי כפוף למפקד בית הספר למודיעין, הדבר יוצר קושי מהותי של ענף ההדרכה להנחות את הבה"ד.

עוד מצביע שפירא על ליקויים במבנה הארגוני של בה"ד 15 ובניהול הסגל שלו. כך למשל לא בוצע עידכון לפקודת הארגון הקשורה לבסיס, וכוח האדם שבו גדול ב-58% ממה שנקבע.

בתחום פיתוח ההדרכה והבקרה ההדרכתית מציין המבקר, שחלק גדול מנוהלי תקן לאיכות בהדרכה אינם מתוקפים, מעודכנים ומתואמים לצורכי ההדרכה הנוכחיים. ל-17 מתוך 77 הכשרות היסוד בבה"ד אין תיקי יסוד מתוקפים, וכך גם ל-64 מתוך 320 ההכשרות המתקדמות. עוד הוסיף המבקר על ביצוע משובי שטח חלקיים.

בנוגע לקורס קמ"נים (קציני מודיעין), קורס הדגל של בה"ד 15, אומר המבקר שהוא נעשה ללא עבודת מטה מתואמת, כוללת ורציפה. לדבריו, "התנהלות זו הביאה לכך שגיבוש מתכונתו החדשה של קורס הקמ"נים נמשך זמן רב, ונותרו פערים תורתיים ומקצועיים שנגרמו בשל חוסר מעורבות של גורמים רלוונטיים שונים בעבודת המטה".