ליקויים יסודיים בניהול מערך כוח האדם של רשות האוכלוסין וההגירה, כתוצאה מפעילות לא תקינה מצד הרשות ונציבות שירות המדינה. מבקר המדינה, יוסף שפירא, מצא (יום ג', 24.5.16), כי תקן כוח האדם של הרשות, האמור לשמש כלי מרכזי לניהול המשאב האנושי, היה שגוי ולא הלם את צורכי הרשות ולכן לא היה יכול לשמש כלי כזה. במשך שלוש שנים היא פעלה ללא סמנכ"ל למינהל - תפקיד המקנה סמכויות ותחומי אחריות רחבים בתחום משאבי האנוש.

עיכוב מתמשך בפעולות להבניית תפקידים ומשרות בתקן הרשות, גרר ליקויים הנוגעים להעסקת כמה קבוצות של עובדים ברשות האוכלוסין: הרשות מעסיקה עשרות בקרי גבול ועשרות מפקחי הגירה בתפקיד שונה משנקבע להם, וזאת בלי שנבחרו במכרז לתפקיד זה, ומטילה עליהם משימות שיש להטיל על בעלי תפקידים בכירים יותר. הרשות אף מעסיקה כמה עובדי חברות פרטיות באגף הביטחון, ובמשך שנים הם מבצעים פעולות ייעודיות שאין להטיל על עובדי חברות פרטיות, אלא רק על עובדי המדינה.

נציבות המדינה, אשר מתפקידה לאשר את תקן כוח האדם ואת המבנה הארגוני ולבקר את השימוש בתקן, פעלה באופן לא מספק ולא התריעה על הליקויים האמורים, ובכך אפשרה לרשות לנהל את משאבי האנוש שלה באופן לקוי.

הצורך בפעולות לתיקון הליקויים שהעלתה הביקורת בניהול משאבי האנוש של רשות האוכלוסין גובר לנוכח ממצאי הביקורת המלמדים כי בנוגע לחלק מתחומי פעילותה לא ריכזה הרשות מידע הנסמך על מדידה והערכה של רמת השירות שהיא מעניקה לציבור.