הרב הראשי לשעבר, הרב
יונה מצגר, ירצה 3.5 שנות מאסר - קובע הסדר טיעון שנחתם עימו (יום ג', 24.1.17). מצגר יודה בקבלת שוחד בסכום של 5 מיליון שקל לאורך שנים.
כתב האישום יתוקן כך שסכום השוחד בו יודה הרב מצגר יהיה מחצית מזה שיוחס לו במקור. מצגר גם הסכים לחילוט של 2 מיליון שקל בדמות תפיסת דירת בנו בירושלים, לקנס של מיליון שקל ולתשלום 2 מיליון שקל לרשות המיסים. ההסדר יוצג בשבוע הבא (1.2.17) לאישורו של שופט בית המשפט המחוזי בירושלים,
משה יועד הכהן. מצגר יחל לרצות את עונשו, הסכימו הצדדים, ב-3.5.17.
כתב האישום המתוקן מייחס לרב מצגר עבירות שוחד, מרמה ומס בעת שכיהן בתפקידו ותוך ניצול תפקידו, וכן עבירת שיבוש מהלכי משפט. הרב מצגר יודה כאמור בקבלת שוחד בסך 5 מיליון שקל, מתוכם 3 מיליון שקל שנטל לכיסו. את היתרה קיבל נהגו האישי,
חיים אייזנשטט, שהיה אמור להיות עד תביעה מרכזי בתיק.
האישום הראשון עוסק ב"פרשת הגיורים", במסגרתו נאשם הרב מצגר, כי קיבל לכיסו טובות הנאה שמקורן בבעלי ממון תושבי חוץ אשר רצו להתגייר או לערוך בירורי יהדות, וביקשו את עצתו ועזרתו כרב הראשי לישראל. בשנים 2012-2007, בשלוש הזדמנויות, הפנה הרב מצגר מתגיירים תושבי חוץ לרב
גבריאל כהן, ששימש כרב וכאב בית דין בלוס אנג'לס, תמורת מחצית מהכספים ששילמו הללו לרב כהן.
האישום השני עוסק בפרשת "אשכול העמותות", ובו נאשם הרב מצגר, כי פעל יחד עם אייזנשטט לגיוס תורמים לעמותות בתמורה ל"עמלה", תוך ניצול מעמדו ותפקידו כרב הראשי לישראל. הרב מצגר סיכם עם בעלי העמותות, כי בתמורה לפעולותיהם שלו ושל אייזנשטט, יתנו לו בעלי העמותות עשרות אחוזים מן התרומות שיתקבלו בעמותות בעקבות המלצתו ופועלו. עבירות אלו ביצע הרב מצגר בעשרות מקרים ובקשר עם מספר עמותות.
האישום השלישי עוסק בלקיחת שוחד בדרך של קבלת טובות הנאה שיטתית ע"י הרב מצגר במהלך שנות כהונתו. טובות הנאה אלה קיבל הרב מצגר במספר רב של הזדמנויות, בין היתר במסגרת אי
רועים פרטיים שלו, וכן כתמורה לכך שהשתתף באירועים של נותני טובות ההנאה.
אישום נוסף עניינו קבלת דבר במרמה ממוסד תורני. על-פי כתב האישום, גייסו הרב מצגר ואייזנטט תרומות למוסד תורני. הרב מצגר נטל לכיסו 25,000 דולר מתוך התרומה שיועדה כולה למוסד התורני, מבלי שגילה לתורמים שעשה זאת. האישום החמישי הוא העלמת הכנסות בסך 3 מיליון שקל, והאישום השישי - לחצים של הרב מצגר על אייזנשטט למסור גרסה כוזבת, שהופעלו כאשר הרב מצגר ישב שבעה על אמו בשלהי 2013.
על-פי כתב האישום המקורי, הרב מצגר קיבל שוחד בסכום ריאלי של 10 מיליון שקל - הסכום הגבוה ביותר שיוחס אי-פעם לנאשם בודד. המדינה ייחסה לו גם גניבה בידי מורשה ו
הלבנת הון - עבירות שנמחקו מכתב האישום המתוקן. המדינה מיוצגת בידי עוה"ד
דני ויטמן ואילה יעקב-גלברד.